生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2012年
3期
183-189
,共7页
组织特异基因%胚乳%顺式作用元件%向量夹角余弦
組織特異基因%胚乳%順式作用元件%嚮量夾角餘絃
조직특이기인%배유%순식작용원건%향량협각여현
本研究旨在利用计算机方法对水稻胚乳特异性表达基因进行挖掘和功能分析,及特异性顺式调控元件的预测.我们将基因在不同组织中的表达信号谱看作多维空间内的向量,利用向量夹角余弦法计算其与理想状态下该基因在某一组织特异表达向量的相似度,以此来判断组织特异性表达基因.本文通过对水稻芯片数据的大规模分析,共挖掘出了127个在永稻胚乳中特异表达基因.并对其启动子进行顺式元件预测,发现两个与胚乳特异表达相关的顺式调控元件,其保守序列分别为CATGCATSCM和GATCGATCGR.与已知功能的顺式元件比较显示,前者为种子特异基因表达相关的RY repeat元件,而后者则与元件RNFG1相似,但其具体功能尚不明确.
本研究旨在利用計算機方法對水稻胚乳特異性錶達基因進行挖掘和功能分析,及特異性順式調控元件的預測.我們將基因在不同組織中的錶達信號譜看作多維空間內的嚮量,利用嚮量夾角餘絃法計算其與理想狀態下該基因在某一組織特異錶達嚮量的相似度,以此來判斷組織特異性錶達基因.本文通過對水稻芯片數據的大規模分析,共挖掘齣瞭127箇在永稻胚乳中特異錶達基因.併對其啟動子進行順式元件預測,髮現兩箇與胚乳特異錶達相關的順式調控元件,其保守序列分彆為CATGCATSCM和GATCGATCGR.與已知功能的順式元件比較顯示,前者為種子特異基因錶達相關的RY repeat元件,而後者則與元件RNFG1相似,但其具體功能尚不明確.
본연구지재이용계산궤방법대수도배유특이성표체기인진행알굴화공능분석,급특이성순식조공원건적예측.아문장기인재불동조직중적표체신호보간작다유공간내적향량,이용향량협각여현법계산기여이상상태하해기인재모일조직특이표체향량적상사도,이차래판단조직특이성표체기인.본문통과대수도심편수거적대규모분석,공알굴출료127개재영도배유중특이표체기인.병대기계동자진행순식원건예측,발현량개여배유특이표체상관적순식조공원건,기보수서렬분별위CATGCATSCM화GATCGATCGR.여이지공능적순식원건비교현시,전자위충자특이기인표체상관적RY repeat원건,이후자칙여원건RNFG1상사,단기구체공능상불명학.
