计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2011年
6期
783-786
,共4页
中心化%巨强连通成分%蛋白交互%信号途径%系统生物学
中心化%巨彊連通成分%蛋白交互%信號途徑%繫統生物學
중심화%거강련통성분%단백교호%신호도경%계통생물학
centralization%giant strong component%protein interaction%signal pathway%systems biology
蛋白激酶与磷酸酶是细胞信号转导途径中的最重要元素,最近出版了酵母的全局蛋白激酶与磷酸酶交互(KPI)网络。由于缺乏详尽的热力学参数,拓扑的(或结构的)分析方法被用于研究该网络,例如,度中心化指标被用于识别该网络中央的蛋白。但是,对真实世界的网络模型使用单一的中心化指标明显不合理,需要组合多种指标综合考虑。本文首先比较了14种不同的中心化指标,然后将它们应用于蛋白激酶与磷酸酶交互网络,最后确定了该网络的10个中央的蛋白并讨论了它们的生物学意义。
蛋白激酶與燐痠酶是細胞信號轉導途徑中的最重要元素,最近齣版瞭酵母的全跼蛋白激酶與燐痠酶交互(KPI)網絡。由于缺乏詳儘的熱力學參數,拓撲的(或結構的)分析方法被用于研究該網絡,例如,度中心化指標被用于識彆該網絡中央的蛋白。但是,對真實世界的網絡模型使用單一的中心化指標明顯不閤理,需要組閤多種指標綜閤攷慮。本文首先比較瞭14種不同的中心化指標,然後將它們應用于蛋白激酶與燐痠酶交互網絡,最後確定瞭該網絡的10箇中央的蛋白併討論瞭它們的生物學意義。
단백격매여린산매시세포신호전도도경중적최중요원소,최근출판료효모적전국단백격매여린산매교호(KPI)망락。유우결핍상진적열역학삼수,탁복적(혹결구적)분석방법피용우연구해망락,례여,도중심화지표피용우식별해망락중앙적단백。단시,대진실세계적망락모형사용단일적중심화지표명현불합리,수요조합다충지표종합고필。본문수선비교료14충불동적중심화지표,연후장타문응용우단백격매여린산매교호망락,최후학정료해망락적10개중앙적단백병토론료타문적생물학의의。
Protein kinases and phosphatases are the most important elements in cellular signal transduction pathways, a global protein kinase and phosphatase interaction (KPI) network in budding yeast is recently published. Due to the absence of detailed kinetic parameters, topological (or structural) analyses are used in the network, e.g. degree centrality is used to analysis of KPI network for the identification of the central proteins. However, it is clear that any single centrality measure in real-world networks is very limited, and multi-centrality measures should be combined for these networks. In the present paper, 14 different centrality measures are compared firstly, and then their application to the KPI network are analyzed,at last the top 10 central proteins in the network are identified, and their biological signification are discussed.