浙江大学学报(医学版)
浙江大學學報(醫學版)
절강대학학보(의학판)
JOURNAL OF ZHEJIANG UNIVERSITY(MEDICAL SCIENCES)
2009年
2期
174-180
,共7页
蛋白质转运%基因组%计算生物学%序列分析%蛋白分选信号%软件%蛋白质组
蛋白質轉運%基因組%計算生物學%序列分析%蛋白分選信號%軟件%蛋白質組
단백질전운%기인조%계산생물학%서렬분석%단백분선신호%연건%단백질조
目的:通过搜索Phenylobacterium zucineum HLK1T全基因组编码蛋白的N-端信号肽,跨膜α-螺旋等外排信号来预测其外排蛋白.方法:应用SingalP V3.0、LipoP V1.0、Phobius和TMHMM 2.0对HLK1T基因组所编码的蛋白进行综合预测;对保守序列用手工方法进行搜索,预测Ⅳ型蛋白和TAT通路蛋白.对预测到的外排蛋白进行COG分类.结果:HLK1T基因组编码的3 861个蛋白中有1 378个(35.7%)为外排蛋白,其中以跨膜蛋白为最多,共预测到735个(占总蛋白的19.0%,外排蛋白的53.3%).此外,它还编码499个Ⅰ型分泌蛋白(12.9%,36.2%)和101个脂蛋白(2.6%,7.3%),以及4个Ⅳ型蛋白和12个TAT通路蛋白.根据COG分类,这些外排蛋白中与无机离子转运和代谢相关的P蛋白以及功能未明的S蛋白为最多.结论:HLK1T编码大量外排蛋白,这些蛋白可能在细菌与宿主的相互作用以及胞内寄生的过程中发挥重要作用.
目的:通過搜索Phenylobacterium zucineum HLK1T全基因組編碼蛋白的N-耑信號肽,跨膜α-螺鏇等外排信號來預測其外排蛋白.方法:應用SingalP V3.0、LipoP V1.0、Phobius和TMHMM 2.0對HLK1T基因組所編碼的蛋白進行綜閤預測;對保守序列用手工方法進行搜索,預測Ⅳ型蛋白和TAT通路蛋白.對預測到的外排蛋白進行COG分類.結果:HLK1T基因組編碼的3 861箇蛋白中有1 378箇(35.7%)為外排蛋白,其中以跨膜蛋白為最多,共預測到735箇(佔總蛋白的19.0%,外排蛋白的53.3%).此外,它還編碼499箇Ⅰ型分泌蛋白(12.9%,36.2%)和101箇脂蛋白(2.6%,7.3%),以及4箇Ⅳ型蛋白和12箇TAT通路蛋白.根據COG分類,這些外排蛋白中與無機離子轉運和代謝相關的P蛋白以及功能未明的S蛋白為最多.結論:HLK1T編碼大量外排蛋白,這些蛋白可能在細菌與宿主的相互作用以及胞內寄生的過程中髮揮重要作用.
목적:통과수색Phenylobacterium zucineum HLK1T전기인조편마단백적N-단신호태,과막α-라선등외배신호래예측기외배단백.방법:응용SingalP V3.0、LipoP V1.0、Phobius화TMHMM 2.0대HLK1T기인조소편마적단백진행종합예측;대보수서렬용수공방법진행수색,예측Ⅳ형단백화TAT통로단백.대예측도적외배단백진행COG분류.결과:HLK1T기인조편마적3 861개단백중유1 378개(35.7%)위외배단백,기중이과막단백위최다,공예측도735개(점총단백적19.0%,외배단백적53.3%).차외,타환편마499개Ⅰ형분비단백(12.9%,36.2%)화101개지단백(2.6%,7.3%),이급4개Ⅳ형단백화12개TAT통로단백.근거COG분류,저사외배단백중여무궤리자전운화대사상관적P단백이급공능미명적S단백위최다.결론:HLK1T편마대량외배단백,저사단백가능재세균여숙주적상호작용이급포내기생적과정중발휘중요작용.
