物理化学学报
物理化學學報
물이화학학보
ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
2003年
8期
757-761
,共5页
于永辉%李春华%卢本卓%陈慰祖%王存新
于永輝%李春華%盧本卓%陳慰祖%王存新
우영휘%리춘화%로본탁%진위조%왕존신
打分函数%范德华能%能量优化 (EM)%分子动力学 (MD)模拟%近天然构象
打分函數%範德華能%能量優化 (EM)%分子動力學 (MD)模擬%近天然構象
타분함수%범덕화능%능량우화 (EM)%분자동역학 (MD)모의%근천연구상
分析了包含静电能 (Δ Eele)、去水化自由能 (Δ GACE)以及范德华能 (Δ Evdw)的打分函数在蛋白质蛋白质对接中评价近天然构象的能力.对 17种蛋白质复合物对接体系进行打分的结果表明,包含范德华能的打分函数(Δ Eele+Δ GACE+Δ Evdw)比通常的打分函数(Δ Eele、Δ GACE、Δ Eele+Δ GACE、Δ Eele+Δ Evdw、Δ GACE+Δ Evdw)具有更好的区分近天然构象的能力.进一步的研究表明,优化( EM)对接体系后再进行打分,上面几种打分函数对对接结构的评价效果都有不同程度的改善,其中打分函数(Δ Eele+Δ GACE+Δ Evdw)有更明显的改善.为了进一步确定候选结构中的近天然构象,以一种蛋白质复合物为例,对候选结构进行分子动力学( MD)模拟,根据 MD轨迹中构象相对于初始构象的平方平均偏差( MSD)随时间的变化来辅助打分函数排除错误构象,得到了较好的结果.
分析瞭包含靜電能 (Δ Eele)、去水化自由能 (Δ GACE)以及範德華能 (Δ Evdw)的打分函數在蛋白質蛋白質對接中評價近天然構象的能力.對 17種蛋白質複閤物對接體繫進行打分的結果錶明,包含範德華能的打分函數(Δ Eele+Δ GACE+Δ Evdw)比通常的打分函數(Δ Eele、Δ GACE、Δ Eele+Δ GACE、Δ Eele+Δ Evdw、Δ GACE+Δ Evdw)具有更好的區分近天然構象的能力.進一步的研究錶明,優化( EM)對接體繫後再進行打分,上麵幾種打分函數對對接結構的評價效果都有不同程度的改善,其中打分函數(Δ Eele+Δ GACE+Δ Evdw)有更明顯的改善.為瞭進一步確定候選結構中的近天然構象,以一種蛋白質複閤物為例,對候選結構進行分子動力學( MD)模擬,根據 MD軌跡中構象相對于初始構象的平方平均偏差( MSD)隨時間的變化來輔助打分函數排除錯誤構象,得到瞭較好的結果.
분석료포함정전능 (Δ Eele)、거수화자유능 (Δ GACE)이급범덕화능 (Δ Evdw)적타분함수재단백질단백질대접중평개근천연구상적능력.대 17충단백질복합물대접체계진행타분적결과표명,포함범덕화능적타분함수(Δ Eele+Δ GACE+Δ Evdw)비통상적타분함수(Δ Eele、Δ GACE、Δ Eele+Δ GACE、Δ Eele+Δ Evdw、Δ GACE+Δ Evdw)구유경호적구분근천연구상적능력.진일보적연구표명,우화( EM)대접체계후재진행타분,상면궤충타분함수대대접결구적평개효과도유불동정도적개선,기중타분함수(Δ Eele+Δ GACE+Δ Evdw)유경명현적개선.위료진일보학정후선결구중적근천연구상,이일충단백질복합물위례,대후선결구진행분자동역학( MD)모의,근거 MD궤적중구상상대우초시구상적평방평균편차( MSD)수시간적변화래보조타분함수배제착오구상,득도료교호적결과.
