计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2011年
11期
1477-1480
,共4页
尹辉%敬闰宇%李益洲%文志宁%李梦龙
尹輝%敬閏宇%李益洲%文誌寧%李夢龍
윤휘%경윤우%리익주%문지저%리몽룡
B因子%平滑窗口%支持向量回归
B因子%平滑窗口%支持嚮量迴歸
B인자%평활창구%지지향량회귀
蛋白质分子的柔性在各种生物进程中如酶催化、蛋白质分子绑定和识别等发挥着重要的作用.研究蛋白质分子柔性有助于更好地理解蛋白质的功能,研究证明从X射线晶体衍射结构而来的B因子能够较好的衡量蛋白质分子的柔性.从蛋白质序列出发,以保守信息、预测的二级结构、预测的相对溶剂可及性和氨基酸4种物理化学性质作为特征向量,利用支持向量回归方法对蛋白质的B因子进行预测.考察了邻近残基的影响,采用滑动窗口方法对所有特征变量进行了处理.通过对位置特异得分矩阵的平滑窗口处理,提高了预测精度.以皮尔逊相关系数为算法评价指标,最终得到独立测试集的皮尔逊相关系数为0.56,表明该方法有效提高预测精度.
蛋白質分子的柔性在各種生物進程中如酶催化、蛋白質分子綁定和識彆等髮揮著重要的作用.研究蛋白質分子柔性有助于更好地理解蛋白質的功能,研究證明從X射線晶體衍射結構而來的B因子能夠較好的衡量蛋白質分子的柔性.從蛋白質序列齣髮,以保守信息、預測的二級結構、預測的相對溶劑可及性和氨基痠4種物理化學性質作為特徵嚮量,利用支持嚮量迴歸方法對蛋白質的B因子進行預測.攷察瞭鄰近殘基的影響,採用滑動窗口方法對所有特徵變量進行瞭處理.通過對位置特異得分矩陣的平滑窗口處理,提高瞭預測精度.以皮爾遜相關繫數為算法評價指標,最終得到獨立測試集的皮爾遜相關繫數為0.56,錶明該方法有效提高預測精度.
단백질분자적유성재각충생물진정중여매최화、단백질분자방정화식별등발휘착중요적작용.연구단백질분자유성유조우경호지리해단백질적공능,연구증명종X사선정체연사결구이래적B인자능구교호적형량단백질분자적유성.종단백질서렬출발,이보수신식、예측적이급결구、예측적상대용제가급성화안기산4충물이화학성질작위특정향량,이용지지향량회귀방법대단백질적B인자진행예측.고찰료린근잔기적영향,채용활동창구방법대소유특정변량진행료처리.통과대위치특이득분구진적평활창구처리,제고료예측정도.이피이손상관계수위산법평개지표,최종득도독립측시집적피이손상관계수위0.56,표명해방법유효제고예측정도.
