CAJ | 학술논문

为了利用NCBI上大量的葡萄(Vitis vinifera L.) EST序列进行葡萄应答外源赤霉素基因的信息挖掘,通过本地化Blast、Blast2go等工具以及其他生物信息学工具和数据库,对NCBI上经过赤霉素(gibberellins,GA)诱导后的葡萄EST序列进行处理,获得了45条仅在赤霉素处理后表达的无冗余EST序列.Blastx注释结果显示,45条序列中有25条序列注释为假定蛋白或未知蛋白(约占55.6％),14条序列无注释信息(约占31.1％),6条序列(13.1％)注释有推定功能,其中包括整合酶蛋白(EE077049)、SPX结构域基因1(EE085000)、丝氨酸羧肽酶类44蛋白(EE091188)、CHY1 (EE092187)、假尿苷合酶/转运蛋白(EE106096)、钾离子通道蛋白(EE108944).Blast2go分析显示,共有29条序列通过基因本体论(GO)注释180个GO号,分属于分子功能(molecular function)、细胞成分(cellular component)、生物过程(biological process)三大类的不同水平.初步推断,在外源赤霉素对葡萄进行处理后,应答基因主要具有结合活性(46.34％)和催化活性(39.02％)两方面的分子功能.其作用空间分布为整个细胞(44.68％)或者细胞器(40.43％)中,并且主要通过参与细胞生理过程(28.57％)和代谢过程(25.71％)等一系列复杂的生理生化反应完成整个应答过程.为进一步研究赤霉素处理后导致葡萄的基因表达情况提供了基本资料.
위료이용NCBI상대량적포도(Vitis vinifera L.) EST서렬진행포도응답외원적매소기인적신식알굴,통과본지화Blast、Blast2go등공구이급기타생물신식학공구화수거고,대NCBI상경과적매소(gibberellins,GA)유도후적포도EST서렬진행처리,획득료45조부재적매소처리후표체적무용여EST서렬.Blastx주석결과현시,45조서렬중유25조서렬주석위가정단백혹미지단백(약점55.6％),14조서렬무주석신식(약점31.1％),6조서렬(13.1％)주석유추정공능,기중포괄정합매단백(EE077049)、SPX결구역기인1(EE085000)、사안산최태매류44단백(EE091188)、CHY1 (EE092187)、가뇨감합매/전운단백(EE106096)、갑리자통도단백(EE108944).Blast2go분석현시,공유29조서렬통과기인본체론(GO)주석180개GO호,분속우분자공능(molecular function)、세포성분(cellular component)、생물과정(biological process)삼대류적불동수평.초보추단,재외원적매소대포도진행처리후,응답기인주요구유결합활성(46.34％)화최화활성(39.02％)량방면적분자공능.기작용공간분포위정개세포(44.68％)혹자세포기(40.43％)중,병차주요통과삼여세포생리과정(28.57％)화대사과정(25.71％)등일계렬복잡적생리생화반응완성정개응답과정.위진일보연구적매소처리후도치포도적기인표체정황제공료기본자료.