化学学报
化學學報
화학학보
ACTA CHIMICA SINICA
2008年
8期
953-958
,共6页
张弛%吴伟彬%卢宇靖%古练权%黄志纾
張弛%吳偉彬%盧宇靖%古練權%黃誌紓
장이%오위빈%로우정%고련권%황지서
G-四链体%吲哚并喹啉类化合物%分子对接%分子动力学模拟%LIE方法
G-四鏈體%吲哚併喹啉類化閤物%分子對接%分子動力學模擬%LIE方法
G-사련체%신타병규람류화합물%분자대접%분자동역학모의%LIE방법
G-四链体是富含鸟嘌呤碱雉的DNA序列通过氢键相互作用形成的四链螺旋结构.通过小分子化合物诱导与稳定端粒G-四链体从而抑制端粒酶活性是一种新的抗癌策略.为了研究一系列吲哚并喹啉衍生物与端粒G-四链体的相互作用,探究其相互作用模式,从而为实现基于G-四链体结构的药物合理设计提供依据,使用分子对接的方法构建了吲哚并喹啉衍生物与G-四链体复合物结构,在此基础上进行分子动力学模拟,并使用线性相互作用能(LIE)方法计算了化合物与G-四链体的结合自由能.结果表明:化合物与G-四链体的主要相互作用方式由氢键、静电与π-π堆积作用构成,侧链末端基团类型和侧链的长短是影响相互作用强弱的重要因素.通过LIE方法计算的结合自由能与实验结果基本吻合,相关度达到r2=0.79.并且,基于预测的结合模式,总结了拥有更高活性的新型吲哚并喹啉衍生物应具有的几个结构特征.
G-四鏈體是富含鳥嘌呤堿雉的DNA序列通過氫鍵相互作用形成的四鏈螺鏇結構.通過小分子化閤物誘導與穩定耑粒G-四鏈體從而抑製耑粒酶活性是一種新的抗癌策略.為瞭研究一繫列吲哚併喹啉衍生物與耑粒G-四鏈體的相互作用,探究其相互作用模式,從而為實現基于G-四鏈體結構的藥物閤理設計提供依據,使用分子對接的方法構建瞭吲哚併喹啉衍生物與G-四鏈體複閤物結構,在此基礎上進行分子動力學模擬,併使用線性相互作用能(LIE)方法計算瞭化閤物與G-四鏈體的結閤自由能.結果錶明:化閤物與G-四鏈體的主要相互作用方式由氫鍵、靜電與π-π堆積作用構成,側鏈末耑基糰類型和側鏈的長短是影響相互作用彊弱的重要因素.通過LIE方法計算的結閤自由能與實驗結果基本吻閤,相關度達到r2=0.79.併且,基于預測的結閤模式,總結瞭擁有更高活性的新型吲哚併喹啉衍生物應具有的幾箇結構特徵.
G-사련체시부함조표령감치적DNA서렬통과경건상호작용형성적사련라선결구.통과소분자화합물유도여은정단립G-사련체종이억제단립매활성시일충신적항암책략.위료연구일계렬신타병규람연생물여단립G-사련체적상호작용,탐구기상호작용모식,종이위실현기우G-사련체결구적약물합리설계제공의거,사용분자대접적방법구건료신타병규람연생물여G-사련체복합물결구,재차기출상진행분자동역학모의,병사용선성상호작용능(LIE)방법계산료화합물여G-사련체적결합자유능.결과표명:화합물여G-사련체적주요상호작용방식유경건、정전여π-π퇴적작용구성,측련말단기단류형화측련적장단시영향상호작용강약적중요인소.통과LIE방법계산적결합자유능여실험결과기본문합,상관도체도r2=0.79.병차,기우예측적결합모식,총결료옹유경고활성적신형신타병규람연생물응구유적궤개결구특정.
