热带医学杂志
熱帶醫學雜誌
열대의학잡지
JOURNAL OF TROPICAL MEDICINE
2008年
3期
212-216
,共5页
廖之君%马文丽%梁爽%陈霞%左长清%郑文岭
廖之君%馬文麗%樑爽%陳霞%左長清%鄭文嶺
료지군%마문려%량상%진하%좌장청%정문령
电离辐射%人成纤维细胞%基因表达谱%数据挖掘%文献挖掘
電離輻射%人成纖維細胞%基因錶達譜%數據挖掘%文獻挖掘
전리복사%인성섬유세포%기인표체보%수거알굴%문헌알굴
目的 从基因表达谱水平探讨2株人成纤维细胞和低剂量电离辐射3个时间点的可能交互效应,掘其差异表达基因.方法 应用GeneSifter在线软件和Panther生物学信息数据库,对下载于NCBI的GEO(Gene Expression Omnibus)数据库的12个样品GSM(数据包含2株成纤维细胞和每株细胞3个辐照时间点),运用混合设计二因子的Two-Way ANOVA方法进行数据挖掘,并对差异表达基因进行聚类、主成分分析、模式分类、功能归类分析,最后用GenCLiP软件进行文献挖掘.结果 获得41条交互效应的差异表达基因,主成分分析示每株细胞24 h时间点的特征向量明显远离其他向量,差异基因表达可分为3种模式.基因功能归类分析提示,多个生物通路如有丝分裂、细胞周期、细胞结构、细胞凋亡等被显著激活,其中参与有丝分裂和细胞周期的差异表达基因由细胞骨架基因、微管运动基因、蛋白激酶基因等构成,细胞凋亡等效应获得文献支持.结论 2株人成纤维细胞和低剂量电离辐射3个时间点有交互效应,存在基因差异表达,这些基因有可能成为鉴定成纤维细胞和辐照时间交互效应的生物标记.
目的 從基因錶達譜水平探討2株人成纖維細胞和低劑量電離輻射3箇時間點的可能交互效應,掘其差異錶達基因.方法 應用GeneSifter在線軟件和Panther生物學信息數據庫,對下載于NCBI的GEO(Gene Expression Omnibus)數據庫的12箇樣品GSM(數據包含2株成纖維細胞和每株細胞3箇輻照時間點),運用混閤設計二因子的Two-Way ANOVA方法進行數據挖掘,併對差異錶達基因進行聚類、主成分分析、模式分類、功能歸類分析,最後用GenCLiP軟件進行文獻挖掘.結果 穫得41條交互效應的差異錶達基因,主成分分析示每株細胞24 h時間點的特徵嚮量明顯遠離其他嚮量,差異基因錶達可分為3種模式.基因功能歸類分析提示,多箇生物通路如有絲分裂、細胞週期、細胞結構、細胞凋亡等被顯著激活,其中參與有絲分裂和細胞週期的差異錶達基因由細胞骨架基因、微管運動基因、蛋白激酶基因等構成,細胞凋亡等效應穫得文獻支持.結論 2株人成纖維細胞和低劑量電離輻射3箇時間點有交互效應,存在基因差異錶達,這些基因有可能成為鑒定成纖維細胞和輻照時間交互效應的生物標記.
목적 종기인표체보수평탐토2주인성섬유세포화저제량전리복사3개시간점적가능교호효응,굴기차이표체기인.방법 응용GeneSifter재선연건화Panther생물학신식수거고,대하재우NCBI적GEO(Gene Expression Omnibus)수거고적12개양품GSM(수거포함2주성섬유세포화매주세포3개복조시간점),운용혼합설계이인자적Two-Way ANOVA방법진행수거알굴,병대차이표체기인진행취류、주성분분석、모식분류、공능귀류분석,최후용GenCLiP연건진행문헌알굴.결과 획득41조교호효응적차이표체기인,주성분분석시매주세포24 h시간점적특정향량명현원리기타향량,차이기인표체가분위3충모식.기인공능귀류분석제시,다개생물통로여유사분렬、세포주기、세포결구、세포조망등피현저격활,기중삼여유사분렬화세포주기적차이표체기인유세포골가기인、미관운동기인、단백격매기인등구성,세포조망등효응획득문헌지지.결론 2주인성섬유세포화저제량전리복사3개시간점유교호효응,존재기인차이표체,저사기인유가능성위감정성섬유세포화복조시간교호효응적생물표기.
