CAJ | 학술논문

对猪细小病毒自然弱毒N株(PPV-N株)VP1基因扩增及测序,利用生物信息学技术预测VP1蛋白的二级结构与B细胞抗原表位,以及分析该蛋白的氨基酸差异位点及密码子偏爱性.结果表明,PPV-N株VP1基因与弱毒参考毒株NADL-2 VP1基因同源性最高,亲缘关系最近.PPV-N株VP1蛋白的二级结构较为复杂,以β-折叠为主,并有较多的转角和无规则卷曲区域,在序列的20～56、61～80、86～130、136～188区域为B细胞抗原表位的优势区域.PPV强、弱毒株VP1蛋白存在5个氨基酸差异位点(T-365-I,G-528-D,Q-533-H,P-586-S,K-715-R),这些位点处氨基酸残基抗原性与毒力成正相关.PPV-N株VP1蛋白在A、C、E、G、H、I、K、N、Q、R、S、T、V和Y氨基酸于密码子选择上存在一定的偏爱性.
대저세소병독자연약독N주(PPV-N주)VP1기인확증급측서,이용생물신식학기술예측VP1단백적이급결구여B세포항원표위,이급분석해단백적안기산차이위점급밀마자편애성.결과표명,PPV-N주VP1기인여약독삼고독주NADL-2 VP1기인동원성최고,친연관계최근.PPV-N주VP1단백적이급결구교위복잡,이β-절첩위주,병유교다적전각화무규칙권곡구역,재서렬적20～56、61～80、86～130、136～188구역위B세포항원표위적우세구역.PPV강、약독주VP1단백존재5개안기산차이위점(T-365-I,G-528-D,Q-533-H,P-586-S,K-715-R),저사위점처안기산잔기항원성여독력성정상관.PPV-N주VP1단백재A、C、E、G、H、I、K、N、Q、R、S、T、V화Y안기산우밀마자선택상존재일정적편애성.