计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2009年
10期
1358-1362
,共5页
鹿涛%乔园园%申泮文%车云霞
鹿濤%喬園園%申泮文%車雲霞
록도%교완완%신반문%차운하
开源软件%结构匹配%分子指纹%MySQL%OpenBabel
開源軟件%結構匹配%分子指紋%MySQL%OpenBabel
개원연건%결구필배%분자지문%MySQL%OpenBabel
化学数据库是进行化学信息学研究的重要资源,分子属性与指纹计算、分子结构格式转换、分子相似度匹配、精确匹配和子结构匹配以及分子结构图片导出等,都是必需的基本服务内容.应用广泛的数据库系统MySQL却缺乏这些功能,难以满足化学信息处理、网站开发等开发的需求.NKChemSQL是自行编制的MySQL扩展库,通过对开源软件OpenBabel的功能进行包装,以SQL语言的格式完成相应操作.NKChemSQL具有良好的运行表现,经过对含26万余条分子结构信息的NCI数据库进行的测试,全结构匹配只需不到1秒而子结构匹配达300个结构/秒,相似度匹配则达l万个结构/秒.NKChemSQL为开发化学信息学软件和网站提供了非常便利的新方式.
化學數據庫是進行化學信息學研究的重要資源,分子屬性與指紋計算、分子結構格式轉換、分子相似度匹配、精確匹配和子結構匹配以及分子結構圖片導齣等,都是必需的基本服務內容.應用廣汎的數據庫繫統MySQL卻缺乏這些功能,難以滿足化學信息處理、網站開髮等開髮的需求.NKChemSQL是自行編製的MySQL擴展庫,通過對開源軟件OpenBabel的功能進行包裝,以SQL語言的格式完成相應操作.NKChemSQL具有良好的運行錶現,經過對含26萬餘條分子結構信息的NCI數據庫進行的測試,全結構匹配隻需不到1秒而子結構匹配達300箇結構/秒,相似度匹配則達l萬箇結構/秒.NKChemSQL為開髮化學信息學軟件和網站提供瞭非常便利的新方式.
화학수거고시진행화학신식학연구적중요자원,분자속성여지문계산、분자결구격식전환、분자상사도필배、정학필배화자결구필배이급분자결구도편도출등,도시필수적기본복무내용.응용엄범적수거고계통MySQL각결핍저사공능,난이만족화학신식처리、망참개발등개발적수구.NKChemSQL시자행편제적MySQL확전고,통과대개원연건OpenBabel적공능진행포장,이SQL어언적격식완성상응조작.NKChemSQL구유량호적운행표현,경과대함26만여조분자결구신식적NCI수거고진행적측시,전결구필배지수불도1초이자결구필배체300개결구/초,상사도필배칙체l만개결구/초.NKChemSQL위개발화학신식학연건화망참제공료비상편리적신방식.
