原子与分子物理学报
原子與分子物理學報
원자여분자물이학보
CHINESE JOURNAL OF ATOMIC AND MOLECULAR PHYSICS
2011年
1期
11-16
,共6页
伊长虹%陈建中%朱通%张庆刚
伊長虹%陳建中%硃通%張慶剛
이장홍%진건중%주통%장경강
HIV-1蛋白酶%分子动力学%MM-PBSA方法%结合自由能%质子化
HIV-1蛋白酶%分子動力學%MM-PBSA方法%結閤自由能%質子化
HIV-1단백매%분자동역학%MM-PBSA방법%결합자유능%질자화
GRL02031是人体免疫缺陷病毒(HIV-1)天冬氨酸蛋白酶的抑制剂,是潜在的治疗艾溢病药物,HIV-1蛋白酶中Asp25/Asp25'的质子化状态对于理解HIV-1蛋白酶和抑制剂的作用机制以及氨基酸变异对抗药性的影响有重要意义.本文对Protease-GRL02031(PR-031)复合物的最可能的四种质子化状态进行了5ns分子动力学模拟,分析了Asp25/Asp25'不同的质子化状态对动力学特征和作用机制的影响,用MM-PBSA的方法计算了PR-031复合物在各种质子化状态下的结合自由能,同时时作为PR-031作用桥梁的水分子与PR-031复合物形成氢键的分析,表明水分子在ASP25质子化状态下最为稳定.结果显示A链ASP25中OD2质子化更有利于蛋白酶与抑制剂GRL02031的结合,是最可能的质子化状态.这对更高效的抗变异药物的设计提供了理论上的指导.
GRL02031是人體免疫缺陷病毒(HIV-1)天鼕氨痠蛋白酶的抑製劑,是潛在的治療艾溢病藥物,HIV-1蛋白酶中Asp25/Asp25'的質子化狀態對于理解HIV-1蛋白酶和抑製劑的作用機製以及氨基痠變異對抗藥性的影響有重要意義.本文對Protease-GRL02031(PR-031)複閤物的最可能的四種質子化狀態進行瞭5ns分子動力學模擬,分析瞭Asp25/Asp25'不同的質子化狀態對動力學特徵和作用機製的影響,用MM-PBSA的方法計算瞭PR-031複閤物在各種質子化狀態下的結閤自由能,同時時作為PR-031作用橋樑的水分子與PR-031複閤物形成氫鍵的分析,錶明水分子在ASP25質子化狀態下最為穩定.結果顯示A鏈ASP25中OD2質子化更有利于蛋白酶與抑製劑GRL02031的結閤,是最可能的質子化狀態.這對更高效的抗變異藥物的設計提供瞭理論上的指導.
GRL02031시인체면역결함병독(HIV-1)천동안산단백매적억제제,시잠재적치료애일병약물,HIV-1단백매중Asp25/Asp25'적질자화상태대우리해HIV-1단백매화억제제적작용궤제이급안기산변이대항약성적영향유중요의의.본문대Protease-GRL02031(PR-031)복합물적최가능적사충질자화상태진행료5ns분자동역학모의,분석료Asp25/Asp25'불동적질자화상태대동역학특정화작용궤제적영향,용MM-PBSA적방법계산료PR-031복합물재각충질자화상태하적결합자유능,동시시작위PR-031작용교량적수분자여PR-031복합물형성경건적분석,표명수분자재ASP25질자화상태하최위은정.결과현시A련ASP25중OD2질자화경유리우단백매여억제제GRL02031적결합,시최가능적질자화상태.저대경고효적항변이약물적설계제공료이론상적지도.
