生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2011年
3期
242-246,249
,共6页
密码子用法%密码子用法表%密码子用法数据库%CUDer平台%生物信息学
密碼子用法%密碼子用法錶%密碼子用法數據庫%CUDer平檯%生物信息學
밀마자용법%밀마자용법표%밀마자용법수거고%CUDer평태%생물신식학
密码子用法数据库(CUD)是密码子用法与密码子优化研究领域的一个重要的在线服务,为了找出该数据库中潜在的两种不再适用的记录,即已过期的陈旧记录和在遗传密码类型上实际无法有效支持的记录(简称不支持记录),本文通过结合前期自主研发的两个软件BestCodon与CUDassist,组建了CUD自动寻错平台CUDer,并应用于上述问题的研究.结果发现,CUD中存在317条陈旧记录与4条不支持记录.对于陈旧记录,这些记录的物种分类号在NCBI中已发生变更,研究者应该避免使用这些记录的相关数据;对于不支持记录,本文借助CUDer计算得到这些记录正确的密码子用法表(CUT),弥补了当前CUD的不足.此外,该平台也为面向CUD的自动化数据处理,提供了一个新的软件框架,具有一定的借鉴意义.
密碼子用法數據庫(CUD)是密碼子用法與密碼子優化研究領域的一箇重要的在線服務,為瞭找齣該數據庫中潛在的兩種不再適用的記錄,即已過期的陳舊記錄和在遺傳密碼類型上實際無法有效支持的記錄(簡稱不支持記錄),本文通過結閤前期自主研髮的兩箇軟件BestCodon與CUDassist,組建瞭CUD自動尋錯平檯CUDer,併應用于上述問題的研究.結果髮現,CUD中存在317條陳舊記錄與4條不支持記錄.對于陳舊記錄,這些記錄的物種分類號在NCBI中已髮生變更,研究者應該避免使用這些記錄的相關數據;對于不支持記錄,本文藉助CUDer計算得到這些記錄正確的密碼子用法錶(CUT),瀰補瞭噹前CUD的不足.此外,該平檯也為麵嚮CUD的自動化數據處理,提供瞭一箇新的軟件框架,具有一定的藉鑒意義.
밀마자용법수거고(CUD)시밀마자용법여밀마자우화연구영역적일개중요적재선복무,위료조출해수거고중잠재적량충불재괄용적기록,즉이과기적진구기록화재유전밀마류형상실제무법유효지지적기록(간칭불지지기록),본문통과결합전기자주연발적량개연건BestCodon여CUDassist,조건료CUD자동심착평태CUDer,병응용우상술문제적연구.결과발현,CUD중존재317조진구기록여4조불지지기록.대우진구기록,저사기록적물충분류호재NCBI중이발생변경,연구자응해피면사용저사기록적상관수거;대우불지지기록,본문차조CUDer계산득도저사기록정학적밀마자용법표(CUT),미보료당전CUD적불족.차외,해평태야위면향CUD적자동화수거처리,제공료일개신적연건광가,구유일정적차감의의.
