小型微型计算机系统
小型微型計算機繫統
소형미형계산궤계통
MINI-MICRO SYSTEMS
2004年
4期
707-711
,共5页
序列拼装%Gamma模型%并行化%欧拉路径
序列拼裝%Gamma模型%併行化%歐拉路徑
서렬병장%Gamma모형%병행화%구랍로경
序列拼装是生物基因测序的一个重要环节,也是生物信息学重要的研究内容.[2]中将Eulerian路径的方法应用于序列拼接,较好地解决传统序列拼装软件中存在的repeat问题,从而提高序列拼装的精度.但对于该方法的研究目前还只有串行化的实现,拼装速度不够理想.在本文中,我们采用了并行化Gamma模型形式化地描述了用于序列拼装的Eulerian方法,并给出了Gamma程序的并行化实现方案.
序列拼裝是生物基因測序的一箇重要環節,也是生物信息學重要的研究內容.[2]中將Eulerian路徑的方法應用于序列拼接,較好地解決傳統序列拼裝軟件中存在的repeat問題,從而提高序列拼裝的精度.但對于該方法的研究目前還隻有串行化的實現,拼裝速度不夠理想.在本文中,我們採用瞭併行化Gamma模型形式化地描述瞭用于序列拼裝的Eulerian方法,併給齣瞭Gamma程序的併行化實現方案.
서렬병장시생물기인측서적일개중요배절,야시생물신식학중요적연구내용.[2]중장Eulerian로경적방법응용우서렬병접,교호지해결전통서렬병장연건중존재적repeat문제,종이제고서렬병장적정도.단대우해방법적연구목전환지유천행화적실현,병장속도불구이상.재본문중,아문채용료병행화Gamma모형형식화지묘술료용우서렬병장적Eulerian방법,병급출료Gamma정서적병행화실현방안.
