遗传
遺傳
유전
HEREDITAS(BEIJING)
2012年
8期
1009-1019
,共11页
许红恩%张化浩%韩民锦%沈以红%黄先智%向仲怀%张泽
許紅恩%張化浩%韓民錦%瀋以紅%黃先智%嚮仲懷%張澤
허홍은%장화호%한민금%침이홍%황선지%향중부%장택
真核生物%重复序列%转座子%鉴定%分类
真覈生物%重複序列%轉座子%鑒定%分類
진핵생물%중복서렬%전좌자%감정%분류
重复序列是真核生物基因组的重要组成成分,根据其序列特征及在基因组中的存在形式,可以进一步分为串联重复、片段重复和散在重复.其中,散在重复大多起源于转座子.根据转座介质的不同,转座子又可分为DNA和逆转录转座子.转座子的转座和扩增对基因的进化和基因组的稳定具有显著的影响;同时与其他类型的重复序列相比,转座子的结构和分类更为复杂多样,使得对转座子的鉴定和分类更为复杂和困难.鉴于此,文章简要概括了转座子的功能及分类,总结了真核生物转座子鉴定、分类和注释的3个步骤:(1)重复序列库的构建;(2)重复序列的校正和分类;(3)基因组注释.着重介绍了每一步骤所采用的不同计算方法,比较了不同方法的优缺点.只有把多种方法结合起来使用才能实现全基因组转座子的精确鉴定、分类和注释,这将为转座子的全基因组鉴定和分类提供借鉴意义.
重複序列是真覈生物基因組的重要組成成分,根據其序列特徵及在基因組中的存在形式,可以進一步分為串聯重複、片段重複和散在重複.其中,散在重複大多起源于轉座子.根據轉座介質的不同,轉座子又可分為DNA和逆轉錄轉座子.轉座子的轉座和擴增對基因的進化和基因組的穩定具有顯著的影響;同時與其他類型的重複序列相比,轉座子的結構和分類更為複雜多樣,使得對轉座子的鑒定和分類更為複雜和睏難.鑒于此,文章簡要概括瞭轉座子的功能及分類,總結瞭真覈生物轉座子鑒定、分類和註釋的3箇步驟:(1)重複序列庫的構建;(2)重複序列的校正和分類;(3)基因組註釋.著重介紹瞭每一步驟所採用的不同計算方法,比較瞭不同方法的優缺點.隻有把多種方法結閤起來使用纔能實現全基因組轉座子的精確鑒定、分類和註釋,這將為轉座子的全基因組鑒定和分類提供藉鑒意義.
중복서렬시진핵생물기인조적중요조성성분,근거기서렬특정급재기인조중적존재형식,가이진일보분위천련중복、편단중복화산재중복.기중,산재중복대다기원우전좌자.근거전좌개질적불동,전좌자우가분위DNA화역전록전좌자.전좌자적전좌화확증대기인적진화화기인조적은정구유현저적영향;동시여기타류형적중복서렬상비,전좌자적결구화분류경위복잡다양,사득대전좌자적감정화분류경위복잡화곤난.감우차,문장간요개괄료전좌자적공능급분류,총결료진핵생물전좌자감정、분류화주석적3개보취:(1)중복서렬고적구건;(2)중복서렬적교정화분류;(3)기인조주석.착중개소료매일보취소채용적불동계산방법,비교료불동방법적우결점.지유파다충방법결합기래사용재능실현전기인조전좌자적정학감정、분류화주석,저장위전좌자적전기인조감정화분류제공차감의의.
