基因组学与应用生物学
基因組學與應用生物學
기인조학여응용생물학
GENOMICS AND APPLIED BIOLOGY
2011年
6期
722-727
,共6页
十字花科黑腐菌%GGDEF%结构域架构%in silico分析
十字花科黑腐菌%GGDEF%結構域架構%in silico分析
십자화과흑부균%GGDEF%결구역가구%in silico분석
近年来,含有GGDEF结构域(含有甘氨酸(G) (2个),天冬氨酸(D),谷氨酸(E),苯丙氨酸(F)保守氨基酸)的蛋白受到重视,已证实含GGDEF结构域蛋白在细胞信号转导、生长和致病性等方面发挥了重要作用.十字花科黑腐菌8004菌株(Xanthomonas campestris pv.campestris str.8004,Xcc 8004)有32个基因编码含GGDEF结构域蛋白,实验证明其中部分蛋白与Xcc致病性、胞外酶产生、生物膜形成和泳动等生命活动相关.本文利用互联网提供的生物信息学资源,对Xcc 8004不同功能含GGDEF结构域蛋白进行生物信息学分析,着重分析其结构域架构.对蛋白结构域架构整体比较显示,这些蛋白的整体结构域架构具有多样性,共有结构域架构仅有PAS_4-GGDEF-EAL (分布于参与致病的蛋白中);对结构域架构局部比较显示,在参与致病性的含GGDEF结构域蛋白中,PAS_4-GGDEF和GGDEF-EAL为共有结构域架构;在参与内切葡聚糖酶产生的蛋白中,PAS_4-PAS_4、PAS_4-GGDEF和GGDEF-EAL为共有结构域架构.本研究结果将为蛋白质功能预测提供线索.
近年來,含有GGDEF結構域(含有甘氨痠(G) (2箇),天鼕氨痠(D),穀氨痠(E),苯丙氨痠(F)保守氨基痠)的蛋白受到重視,已證實含GGDEF結構域蛋白在細胞信號轉導、生長和緻病性等方麵髮揮瞭重要作用.十字花科黑腐菌8004菌株(Xanthomonas campestris pv.campestris str.8004,Xcc 8004)有32箇基因編碼含GGDEF結構域蛋白,實驗證明其中部分蛋白與Xcc緻病性、胞外酶產生、生物膜形成和泳動等生命活動相關.本文利用互聯網提供的生物信息學資源,對Xcc 8004不同功能含GGDEF結構域蛋白進行生物信息學分析,著重分析其結構域架構.對蛋白結構域架構整體比較顯示,這些蛋白的整體結構域架構具有多樣性,共有結構域架構僅有PAS_4-GGDEF-EAL (分佈于參與緻病的蛋白中);對結構域架構跼部比較顯示,在參與緻病性的含GGDEF結構域蛋白中,PAS_4-GGDEF和GGDEF-EAL為共有結構域架構;在參與內切葡聚糖酶產生的蛋白中,PAS_4-PAS_4、PAS_4-GGDEF和GGDEF-EAL為共有結構域架構.本研究結果將為蛋白質功能預測提供線索.
근년래,함유GGDEF결구역(함유감안산(G) (2개),천동안산(D),곡안산(E),분병안산(F)보수안기산)적단백수도중시,이증실함GGDEF결구역단백재세포신호전도、생장화치병성등방면발휘료중요작용.십자화과흑부균8004균주(Xanthomonas campestris pv.campestris str.8004,Xcc 8004)유32개기인편마함GGDEF결구역단백,실험증명기중부분단백여Xcc치병성、포외매산생、생물막형성화영동등생명활동상관.본문이용호련망제공적생물신식학자원,대Xcc 8004불동공능함GGDEF결구역단백진행생물신식학분석,착중분석기결구역가구.대단백결구역가구정체비교현시,저사단백적정체결구역가구구유다양성,공유결구역가구부유PAS_4-GGDEF-EAL (분포우삼여치병적단백중);대결구역가구국부비교현시,재삼여치병성적함GGDEF결구역단백중,PAS_4-GGDEF화GGDEF-EAL위공유결구역가구;재삼여내절포취당매산생적단백중,PAS_4-PAS_4、PAS_4-GGDEF화GGDEF-EAL위공유결구역가구.본연구결과장위단백질공능예측제공선색.
