北京生物医学工程
北京生物醫學工程
북경생물의학공정
BEIJING BIOMEDICAL ENGINEERING
2007年
5期
485-488
,共4页
钮俊清%郑浩然%陈久生%马猛%王煦法
鈕俊清%鄭浩然%陳久生%馬猛%王煦法
뉴준청%정호연%진구생%마맹%왕후법
系统生物学%随机仿真算法%多agents分布式仿真
繫統生物學%隨機倣真算法%多agents分佈式倣真
계통생물학%수궤방진산법%다agents분포식방진
系统生物学关注于对生化反应网络进行定量的数学建模和计算机仿真,这是理解生化网络的拓扑结构和动态行为的主要手段.Gillespie的随机仿真算法(SSA)是仿真均匀生化反应系统的一种标准的算法,而SSA算法最大的问题在于计算代价过高.基于并行思想提出一种基于多agent系统实现的分布式随机仿真算法(DSSA),利用分布式计算来提高SSA算法的计算性能,为建模与仿真大规模生化反应系统提供了一种有效的方式.实验显示DSSA算法在时间性能上带来显著的提升.
繫統生物學關註于對生化反應網絡進行定量的數學建模和計算機倣真,這是理解生化網絡的拓撲結構和動態行為的主要手段.Gillespie的隨機倣真算法(SSA)是倣真均勻生化反應繫統的一種標準的算法,而SSA算法最大的問題在于計算代價過高.基于併行思想提齣一種基于多agent繫統實現的分佈式隨機倣真算法(DSSA),利用分佈式計算來提高SSA算法的計算性能,為建模與倣真大規模生化反應繫統提供瞭一種有效的方式.實驗顯示DSSA算法在時間性能上帶來顯著的提升.
계통생물학관주우대생화반응망락진행정량적수학건모화계산궤방진,저시리해생화망락적탁복결구화동태행위적주요수단.Gillespie적수궤방진산법(SSA)시방진균균생화반응계통적일충표준적산법,이SSA산법최대적문제재우계산대개과고.기우병행사상제출일충기우다agent계통실현적분포식수궤방진산법(DSSA),이용분포식계산래제고SSA산법적계산성능,위건모여방진대규모생화반응계통제공료일충유효적방식.실험현시DSSA산법재시간성능상대래현저적제승.
