科学通报
科學通報
과학통보
CHINESE SCIENCE BULLETIN
2000年
10期
1052-1056
,共5页
梁世德%肖岚%毛凤楼%江林%韩玉真%来鲁华
樑世德%肖嵐%毛鳳樓%江林%韓玉真%來魯華
량세덕%초람%모봉루%강림%한옥진%래로화
嫁接%叠加%形状互补%打分函数%蛋白质工程
嫁接%疊加%形狀互補%打分函數%蛋白質工程
가접%첩가%형상호보%타분함수%단백질공정
报道了一种蛋白-蛋白相互作用表面位点的嫁接方法. 首先确定被嫁接的配体表面结合区的重要残基, 在骨架蛋白中搜索适合于嫁接这些残基的位点. 基于对映残基的Ca , Cb 原子坐标, 将骨架蛋白叠加到配体蛋白上, 评估骨架蛋白与受体蛋白的互补性并留下互补性较好的骨架蛋白.细调骨架蛋白与受体蛋白的相对位置, 使之具有合理的界面堆积密度. 然后在骨架蛋白选出的位置上移植配体蛋白相应的残基. 另外, 对于与受体有严重碰撞的残基, 或不能形成盐桥的包埋带电侧链, 也予以突变. 突变后的骨架蛋白与受体一起用Charmm进行能量优化. 用刚性蛋白-蛋白复合物结构回归出一个适合于嫁接研究的打分函数. 利用打分函数对骨架蛋白的结合自由能进行评估.
報道瞭一種蛋白-蛋白相互作用錶麵位點的嫁接方法. 首先確定被嫁接的配體錶麵結閤區的重要殘基, 在骨架蛋白中搜索適閤于嫁接這些殘基的位點. 基于對映殘基的Ca , Cb 原子坐標, 將骨架蛋白疊加到配體蛋白上, 評估骨架蛋白與受體蛋白的互補性併留下互補性較好的骨架蛋白.細調骨架蛋白與受體蛋白的相對位置, 使之具有閤理的界麵堆積密度. 然後在骨架蛋白選齣的位置上移植配體蛋白相應的殘基. 另外, 對于與受體有嚴重踫撞的殘基, 或不能形成鹽橋的包埋帶電側鏈, 也予以突變. 突變後的骨架蛋白與受體一起用Charmm進行能量優化. 用剛性蛋白-蛋白複閤物結構迴歸齣一箇適閤于嫁接研究的打分函數. 利用打分函數對骨架蛋白的結閤自由能進行評估.
보도료일충단백-단백상호작용표면위점적가접방법. 수선학정피가접적배체표면결합구적중요잔기, 재골가단백중수색괄합우가접저사잔기적위점. 기우대영잔기적Ca , Cb 원자좌표, 장골가단백첩가도배체단백상, 평고골가단백여수체단백적호보성병류하호보성교호적골가단백.세조골가단백여수체단백적상대위치, 사지구유합리적계면퇴적밀도. 연후재골가단백선출적위치상이식배체단백상응적잔기. 령외, 대우여수체유엄중팽당적잔기, 혹불능형성염교적포매대전측련, 야여이돌변. 돌변후적골가단백여수체일기용Charmm진행능량우화. 용강성단백-단백복합물결구회귀출일개괄합우가접연구적타분함수. 이용타분함수대골가단백적결합자유능진행평고.
