科学技术与工程
科學技術與工程
과학기술여공정
SCIENCE TECHNOLOGY AND ENGINEERING
2011年
7期
1468-1473,1479
,共7页
FPGA%DNA序列%软件平台%动态规划
FPGA%DNA序列%軟件平檯%動態規劃
FPGA%DNA서렬%연건평태%동태규화
针对目前基于动态规划的DNA序列全局比对算法时间复杂度较高,设计了一个DNA序列全局比对系统.该系统用FPGA进行序列的比对,并配备一个软件平台存储数据、发送命令以及发送和接收数据.测试数据表明,该系统的DNA序列比对时间在序列相似度较低情况下,为Needleman的42%;在序列相似度较高的情况下,为Needleman的6%.
針對目前基于動態規劃的DNA序列全跼比對算法時間複雜度較高,設計瞭一箇DNA序列全跼比對繫統.該繫統用FPGA進行序列的比對,併配備一箇軟件平檯存儲數據、髮送命令以及髮送和接收數據.測試數據錶明,該繫統的DNA序列比對時間在序列相似度較低情況下,為Needleman的42%;在序列相似度較高的情況下,為Needleman的6%.
침대목전기우동태규화적DNA서렬전국비대산법시간복잡도교고,설계료일개DNA서렬전국비대계통.해계통용FPGA진행서렬적비대,병배비일개연건평태존저수거、발송명령이급발송화접수수거.측시수거표명,해계통적DNA서렬비대시간재서렬상사도교저정황하,위Needleman적42%;재서렬상사도교고적정황하,위Needleman적6%.
