生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2004年
3期
1-5
,共5页
孙彤%闫莉婕%黄勤妮%印莉萍
孫彤%閆莉婕%黃勤妮%印莉萍
손동%염리첩%황근니%인리평
微点阵,转录本组图谱%缺铁胁迫,水稻根
微點陣,轉錄本組圖譜%缺鐵脅迫,水稻根
미점진,전록본조도보%결철협박,수도근
水稻不仅是非常重要的粮食作物,也是用于研究的模式植物之一. 由于水稻基因组测序的完成,用功能基因组学的现代方法来研究缺铁相关基因的表达调控是最高效的方法之一. 在前期工作的基础上,精心设计了缺铁和EDTA鳌合二价铁诱导5天的水稻根实验,并进行了转录水平的微点阵(microarray)分析.但只获得了第5天的结果. 在10531个水稻cDNA芯片图谱中,缺铁和加铁比较发现了451个差异点.对缺铁诱导的451个差异cDNA逐一地进行NCBI (美国国家生物技术信息中心)的BLAST(局部定位排列搜索工具)数据库检索、分析和归类.发现其中缺铁与加铁(-Fe/Fe-EDTA ratio)之间的相对表达水平(REL) 在2-9.175之间的缺铁诱导上调基因为203个,缺铁诱导的下调基因为248个.对每一类上调基因都逐一地进行了NCBI-PubMed 的文献检索.利用国际网络数据库进行了功能鉴定.
水稻不僅是非常重要的糧食作物,也是用于研究的模式植物之一. 由于水稻基因組測序的完成,用功能基因組學的現代方法來研究缺鐵相關基因的錶達調控是最高效的方法之一. 在前期工作的基礎上,精心設計瞭缺鐵和EDTA鼇閤二價鐵誘導5天的水稻根實驗,併進行瞭轉錄水平的微點陣(microarray)分析.但隻穫得瞭第5天的結果. 在10531箇水稻cDNA芯片圖譜中,缺鐵和加鐵比較髮現瞭451箇差異點.對缺鐵誘導的451箇差異cDNA逐一地進行NCBI (美國國傢生物技術信息中心)的BLAST(跼部定位排列搜索工具)數據庫檢索、分析和歸類.髮現其中缺鐵與加鐵(-Fe/Fe-EDTA ratio)之間的相對錶達水平(REL) 在2-9.175之間的缺鐵誘導上調基因為203箇,缺鐵誘導的下調基因為248箇.對每一類上調基因都逐一地進行瞭NCBI-PubMed 的文獻檢索.利用國際網絡數據庫進行瞭功能鑒定.
수도불부시비상중요적양식작물,야시용우연구적모식식물지일. 유우수도기인조측서적완성,용공능기인조학적현대방법래연구결철상관기인적표체조공시최고효적방법지일. 재전기공작적기출상,정심설계료결철화EDTA오합이개철유도5천적수도근실험,병진행료전록수평적미점진(microarray)분석.단지획득료제5천적결과. 재10531개수도cDNA심편도보중,결철화가철비교발현료451개차이점.대결철유도적451개차이cDNA축일지진행NCBI (미국국가생물기술신식중심)적BLAST(국부정위배렬수색공구)수거고검색、분석화귀류.발현기중결철여가철(-Fe/Fe-EDTA ratio)지간적상대표체수평(REL) 재2-9.175지간적결철유도상조기인위203개,결철유도적하조기인위248개.대매일류상조기인도축일지진행료NCBI-PubMed 적문헌검색.이용국제망락수거고진행료공능감정.
