高等学校化学学报
高等學校化學學報
고등학교화학학보
CHEMICAL JOURNAL OF CHINESE UNIVERSITIES
2009年
4期
781-785
,共5页
朱艳艳%苏延伟%漆遥%谭宏伟%王艳%陈光巨
硃豔豔%囌延偉%漆遙%譚宏偉%王豔%陳光巨
주염염%소연위%칠요%담굉위%왕염%진광거
金属核酸酶%分子对接%寡聚酰胺%AutoDock程序
金屬覈痠酶%分子對接%寡聚酰胺%AutoDock程序
금속핵산매%분자대접%과취선알%AutoDock정서
采用分子对接软件AutoDock分别研究了金属核酸酶、寡聚酰胺与DNA对接模式. 研究结果表明, 金属核酸酶、寡聚酰胺与DNA对接结果与实验数据吻合得较好. 在金属核酸酶与DNA的对接中, 最优构型都是金属核酸酶对接在DNA的小沟内. 随着中心金属上电荷的增加, 最大对接能呈现上升趋势. 尤其是配体体积较小的金属核酸酶, 最佳对接位点受中心金属上电荷影响较大, 即随着中心金属上电荷的从少到多, 最佳对接位点呈现多样化的趋势. 在柔性分子寡聚酰胺与双链DNA分子的对接中, 分子随DNA小沟的柔性变形是对接结合的关键. 其最佳的结合物位点也都是在DNA的小沟内, 其对接结果与晶体结构一致.
採用分子對接軟件AutoDock分彆研究瞭金屬覈痠酶、寡聚酰胺與DNA對接模式. 研究結果錶明, 金屬覈痠酶、寡聚酰胺與DNA對接結果與實驗數據吻閤得較好. 在金屬覈痠酶與DNA的對接中, 最優構型都是金屬覈痠酶對接在DNA的小溝內. 隨著中心金屬上電荷的增加, 最大對接能呈現上升趨勢. 尤其是配體體積較小的金屬覈痠酶, 最佳對接位點受中心金屬上電荷影響較大, 即隨著中心金屬上電荷的從少到多, 最佳對接位點呈現多樣化的趨勢. 在柔性分子寡聚酰胺與雙鏈DNA分子的對接中, 分子隨DNA小溝的柔性變形是對接結閤的關鍵. 其最佳的結閤物位點也都是在DNA的小溝內, 其對接結果與晶體結構一緻.
채용분자대접연건AutoDock분별연구료금속핵산매、과취선알여DNA대접모식. 연구결과표명, 금속핵산매、과취선알여DNA대접결과여실험수거문합득교호. 재금속핵산매여DNA적대접중, 최우구형도시금속핵산매대접재DNA적소구내. 수착중심금속상전하적증가, 최대대접능정현상승추세. 우기시배체체적교소적금속핵산매, 최가대접위점수중심금속상전하영향교대, 즉수착중심금속상전하적종소도다, 최가대접위점정현다양화적추세. 재유성분자과취선알여쌍련DNA분자적대접중, 분자수DNA소구적유성변형시대접결합적관건. 기최가적결합물위점야도시재DNA적소구내, 기대접결과여정체결구일치.
