中国生物化学与分子生物学报
中國生物化學與分子生物學報
중국생물화학여분자생물학보
CHINESE JOURNAL OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY
2006年
6期
484-490
,共7页
田瑞%李英娜%宋婀莉%高诗娟%黄海明%张玲%马素参%高友鹤
田瑞%李英娜%宋婀莉%高詩娟%黃海明%張玲%馬素參%高友鶴
전서%리영나%송아리%고시연%황해명%장령%마소삼%고우학
蛋白质相互作用%PDZ结构域%酵母双杂交%生物信息学
蛋白質相互作用%PDZ結構域%酵母雙雜交%生物信息學
단백질상호작용%PDZ결구역%효모쌍잡교%생물신식학
选择ZO-1的PDZ1结构域作为研究对象,以酵母双杂交为筛选系统,筛选随机多肽文库和与其它PDZ结构域的配体进行相互作用,阐明ZO-1 PDZ1的配体结合特性.ZO-1 PDZ1识别配体C末端保守的氨基酸序列通式可以表示为:[S/T][F/Y/W][V/I/L/C]-COOH、[S/T][K/R]V-COOH、V[F/Y/W][L/C]-COOH、EYV-COOH.研究发现ZO-1 PDZ1的配体同时具有3种传统PDZ结构域配体的特点,不同的是其结合配体-1位对芳香族氨基酸具有强烈的偏好性.并且某些PDZ结构域配体的-1位和-3位对结构域与配体相互作用的特异性和亲和力有重要的作用.随后通过生物信息学的方法在Swiss-Prot数据库找到与此识别规律相符合的天然人类蛋白质.根据蛋白质的功能和细胞定位等性质选择10个配体用酵母双杂交验证相互作用.证实的相互作用配体有4个.本研究希望用这样的研究策略建立一种有效的研究蛋白质相互作用的方法,通过在全蛋白质组规模上对含有结合配体保守氨基酸序列的蛋白质的查询,理论上可以找到现有数据库中所有可能与目的结构域结合的潜在配体蛋白,特别是那些筛选cDNA文库不容易获得的低丰度配体.
選擇ZO-1的PDZ1結構域作為研究對象,以酵母雙雜交為篩選繫統,篩選隨機多肽文庫和與其它PDZ結構域的配體進行相互作用,闡明ZO-1 PDZ1的配體結閤特性.ZO-1 PDZ1識彆配體C末耑保守的氨基痠序列通式可以錶示為:[S/T][F/Y/W][V/I/L/C]-COOH、[S/T][K/R]V-COOH、V[F/Y/W][L/C]-COOH、EYV-COOH.研究髮現ZO-1 PDZ1的配體同時具有3種傳統PDZ結構域配體的特點,不同的是其結閤配體-1位對芳香族氨基痠具有彊烈的偏好性.併且某些PDZ結構域配體的-1位和-3位對結構域與配體相互作用的特異性和親和力有重要的作用.隨後通過生物信息學的方法在Swiss-Prot數據庫找到與此識彆規律相符閤的天然人類蛋白質.根據蛋白質的功能和細胞定位等性質選擇10箇配體用酵母雙雜交驗證相互作用.證實的相互作用配體有4箇.本研究希望用這樣的研究策略建立一種有效的研究蛋白質相互作用的方法,通過在全蛋白質組規模上對含有結閤配體保守氨基痠序列的蛋白質的查詢,理論上可以找到現有數據庫中所有可能與目的結構域結閤的潛在配體蛋白,特彆是那些篩選cDNA文庫不容易穫得的低豐度配體.
선택ZO-1적PDZ1결구역작위연구대상,이효모쌍잡교위사선계통,사선수궤다태문고화여기타PDZ결구역적배체진행상호작용,천명ZO-1 PDZ1적배체결합특성.ZO-1 PDZ1식별배체C말단보수적안기산서렬통식가이표시위:[S/T][F/Y/W][V/I/L/C]-COOH、[S/T][K/R]V-COOH、V[F/Y/W][L/C]-COOH、EYV-COOH.연구발현ZO-1 PDZ1적배체동시구유3충전통PDZ결구역배체적특점,불동적시기결합배체-1위대방향족안기산구유강렬적편호성.병차모사PDZ결구역배체적-1위화-3위대결구역여배체상호작용적특이성화친화력유중요적작용.수후통과생물신식학적방법재Swiss-Prot수거고조도여차식별규률상부합적천연인류단백질.근거단백질적공능화세포정위등성질선택10개배체용효모쌍잡교험증상호작용.증실적상호작용배체유4개.본연구희망용저양적연구책략건립일충유효적연구단백질상호작용적방법,통과재전단백질조규모상대함유결합배체보수안기산서렬적단백질적사순,이론상가이조도현유수거고중소유가능여목적결구역결합적잠재배체단백,특별시나사사선cDNA문고불용역획득적저봉도배체.
