大豆科学
大豆科學
대두과학
SOYBEAN SCIENCE
2009年
2期
204-209
,共6页
詹少华%盛新颖%樊洪泓%蔡永萍%林毅
詹少華%盛新穎%樊洪泓%蔡永萍%林毅
첨소화%성신영%번홍홍%채영평%림의
大豆%表达序列标签%EST-SSR%序列长度%重复基元
大豆%錶達序列標籤%EST-SSR%序列長度%重複基元
대두%표체서렬표첨%EST-SSR%서렬장도%중복기원
为了分析大豆EST-SSR的特征和比较其不同长度EST序列中的SSR特性,从NCBI下载了大豆EST序列,应用SSRIT搜索SSR,分析了20 183个无冗余的EST序列,发现了1747个EST序列(8.66%)含有SSR,长度超过400 bp的EST序列含SSR的比例为10.05%,而长度在400 bp以下的EST序列SSR的比例为4.74%.二核苷酸和三核苷酸SSR是大豆EST-SSR的主要类型,分别的60.45%和37.04%,最常见的SSR基元是:AT、AG、AAT、AC、AAG、ACG.在1798个EST-SSR中,51.45%的长度大于12 hp,13.35%长度大于20 hp.推断NCBI大豆EST数据库中含有12 3527个SSR,大豆EST-SSR可用于大豆分子标记,具有重要的开发价值,为有针对性设计EST-SSR引物奠定基础.
為瞭分析大豆EST-SSR的特徵和比較其不同長度EST序列中的SSR特性,從NCBI下載瞭大豆EST序列,應用SSRIT搜索SSR,分析瞭20 183箇無冗餘的EST序列,髮現瞭1747箇EST序列(8.66%)含有SSR,長度超過400 bp的EST序列含SSR的比例為10.05%,而長度在400 bp以下的EST序列SSR的比例為4.74%.二覈苷痠和三覈苷痠SSR是大豆EST-SSR的主要類型,分彆的60.45%和37.04%,最常見的SSR基元是:AT、AG、AAT、AC、AAG、ACG.在1798箇EST-SSR中,51.45%的長度大于12 hp,13.35%長度大于20 hp.推斷NCBI大豆EST數據庫中含有12 3527箇SSR,大豆EST-SSR可用于大豆分子標記,具有重要的開髮價值,為有針對性設計EST-SSR引物奠定基礎.
위료분석대두EST-SSR적특정화비교기불동장도EST서렬중적SSR특성,종NCBI하재료대두EST서렬,응용SSRIT수색SSR,분석료20 183개무용여적EST서렬,발현료1747개EST서렬(8.66%)함유SSR,장도초과400 bp적EST서렬함SSR적비례위10.05%,이장도재400 bp이하적EST서렬SSR적비례위4.74%.이핵감산화삼핵감산SSR시대두EST-SSR적주요류형,분별적60.45%화37.04%,최상견적SSR기원시:AT、AG、AAT、AC、AAG、ACG.재1798개EST-SSR중,51.45%적장도대우12 hp,13.35%장도대우20 hp.추단NCBI대두EST수거고중함유12 3527개SSR,대두EST-SSR가용우대두분자표기,구유중요적개발개치,위유침대성설계EST-SSR인물전정기출.
