生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2012年
1期
15-19
,共5页
郭士伟%李万昌%彭陈%袁玖辰%方先文%张云华
郭士偉%李萬昌%彭陳%袁玖辰%方先文%張雲華
곽사위%리만창%팽진%원구신%방선문%장운화
稻瘟菌%P-ATPases基因%EST%GC含量
稻瘟菌%P-ATPases基因%EST%GC含量
도온균%P-ATPases기인%EST%GC함량
利用TCDB (Transporter Classification Database)网站数据库中的P- ATPases氨基酸序列对稻瘟菌全基因组表达序列( Coding Sequence,CDS)数据库进行搜索和分析,共发现23个P- ATPases基因,进化树分析表明这23个基因分属于4个家族和7个亚家族.构建了本地ESTs数据库,通过P-ATPases基因CDS序列与EST序列比对分析发现,在这些基因中有20个存在EST同源体,另外3个基因没有发现EST同源体,因此这20个基因是真实P-ATPases基因的可能性更高.运用MEME程序分析了这些P - ATPases蛋白结构域的基序,有6种基序在90％以上的基因氨基酸序列中出现,属保守基序.对这23个P - ATPases基因GC含量的分析表明,它们的平均GC含量在0.519 -0.628之间,稍高于稻瘟菌整个基因组GC平均含量(0.516),同时这些基因内各区段GC含量变化不大,没有明显的梯度变化.本文结果为下一步深入研究稻瘟菌中P- ATPases基因家族的功能奠定了基础.
利用TCDB (Transporter Classification Database)網站數據庫中的P- ATPases氨基痠序列對稻瘟菌全基因組錶達序列( Coding Sequence,CDS)數據庫進行搜索和分析,共髮現23箇P- ATPases基因,進化樹分析錶明這23箇基因分屬于4箇傢族和7箇亞傢族.構建瞭本地ESTs數據庫,通過P-ATPases基因CDS序列與EST序列比對分析髮現,在這些基因中有20箇存在EST同源體,另外3箇基因沒有髮現EST同源體,因此這20箇基因是真實P-ATPases基因的可能性更高.運用MEME程序分析瞭這些P - ATPases蛋白結構域的基序,有6種基序在90％以上的基因氨基痠序列中齣現,屬保守基序.對這23箇P - ATPases基因GC含量的分析錶明,它們的平均GC含量在0.519 -0.628之間,稍高于稻瘟菌整箇基因組GC平均含量(0.516),同時這些基因內各區段GC含量變化不大,沒有明顯的梯度變化.本文結果為下一步深入研究稻瘟菌中P- ATPases基因傢族的功能奠定瞭基礎.
이용TCDB (Transporter Classification Database)망참수거고중적P- ATPases안기산서렬대도온균전기인조표체서렬( Coding Sequence,CDS)수거고진행수색화분석,공발현23개P- ATPases기인,진화수분석표명저23개기인분속우4개가족화7개아가족.구건료본지ESTs수거고,통과P-ATPases기인CDS서렬여EST서렬비대분석발현,재저사기인중유20개존재EST동원체,령외3개기인몰유발현EST동원체,인차저20개기인시진실P-ATPases기인적가능성경고.운용MEME정서분석료저사P - ATPases단백결구역적기서,유6충기서재90％이상적기인안기산서렬중출현,속보수기서.대저23개P - ATPases기인GC함량적분석표명,타문적평균GC함량재0.519 -0.628지간,초고우도온균정개기인조GC평균함량(0.516),동시저사기인내각구단GC함량변화불대,몰유명현적제도변화.본문결과위하일보심입연구도온균중P- ATPases기인가족적공능전정료기출.
