生物技术通报
生物技術通報
생물기술통보
BIOTECHNOLOGY BULLETIN
2011年
1期
191-196,207
,共7页
仇旭升%孟春春%于洋%陈鸿军%于圣青%丁铲
仇旭升%孟春春%于洋%陳鴻軍%于聖青%丁鏟
구욱승%맹춘춘%우양%진홍군%우골청%정산
新城疫病毒%P蛋白%V蛋白%生物信息学%功能结构城
新城疫病毒%P蛋白%V蛋白%生物信息學%功能結構城
신성역병독%P단백%V단백%생물신식학%공능결구성
NDV的P基因能够通过RNA编辑机制编码3种病毒蛋白P,V和W.为了初步确定新城疫病毒P、V和W的功能结构域及其在P基因中位置,对这3种具有相同N端不同C端的病毒蛋白进行生物信息学分析.分别设计针对基因Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅶ型以及class I NDV毒株P基因的引物.RT-PCR获得5种基因型NDV P基因的正确序列.通过核苷酸序列预测P基因表达产物的氨基酸序列,并进行二级结构预测和三级结构模拟.将SV5 V蛋白空间结构作为模板,从而分析获得了NDVP/V/W基因编码产物的二级结构以及部分空间结构.综合各种分析数据,预测P蛋白辅助N蛋白折叠的结构域位于N端前50 aa内;介导P蛋白四聚体形成的coiled-coil结构位于221-290 aa范围内;介导P蛋白与基因组的作用的X结构城位于291-392 aas范围内.V蛋白的C端结构域的编码区域位于P蛋白132-239 aa编码区域内.
NDV的P基因能夠通過RNA編輯機製編碼3種病毒蛋白P,V和W.為瞭初步確定新城疫病毒P、V和W的功能結構域及其在P基因中位置,對這3種具有相同N耑不同C耑的病毒蛋白進行生物信息學分析.分彆設計針對基因Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅶ型以及class I NDV毒株P基因的引物.RT-PCR穫得5種基因型NDV P基因的正確序列.通過覈苷痠序列預測P基因錶達產物的氨基痠序列,併進行二級結構預測和三級結構模擬.將SV5 V蛋白空間結構作為模闆,從而分析穫得瞭NDVP/V/W基因編碼產物的二級結構以及部分空間結構.綜閤各種分析數據,預測P蛋白輔助N蛋白摺疊的結構域位于N耑前50 aa內;介導P蛋白四聚體形成的coiled-coil結構位于221-290 aa範圍內;介導P蛋白與基因組的作用的X結構城位于291-392 aas範圍內.V蛋白的C耑結構域的編碼區域位于P蛋白132-239 aa編碼區域內.
NDV적P기인능구통과RNA편집궤제편마3충병독단백P,V화W.위료초보학정신성역병독P、V화W적공능결구역급기재P기인중위치,대저3충구유상동N단불동C단적병독단백진행생물신식학분석.분별설계침대기인Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ화Ⅶ형이급class I NDV독주P기인적인물.RT-PCR획득5충기인형NDV P기인적정학서렬.통과핵감산서렬예측P기인표체산물적안기산서렬,병진행이급결구예측화삼급결구모의.장SV5 V단백공간결구작위모판,종이분석획득료NDVP/V/W기인편마산물적이급결구이급부분공간결구.종합각충분석수거,예측P단백보조N단백절첩적결구역위우N단전50 aa내;개도P단백사취체형성적coiled-coil결구위우221-290 aa범위내;개도P단백여기인조적작용적X결구성위우291-392 aas범위내.V단백적C단결구역적편마구역위우P단백132-239 aa편마구역내.
