科学通报
科學通報
과학통보
CHINESE SCIENCE BULLETIN
2005年
11期
1085-1089
,共5页
汪旭升%吴为人%金谷雷%朱军
汪旭升%吳為人%金穀雷%硃軍
왕욱승%오위인%금곡뢰%주군
水稻%抗病基因%RGA%多态性%分子标记
水稻%抗病基因%RGA%多態性%分子標記
수도%항병기인%RGA%다태성%분자표기
用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA), 表明RGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些RGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的RGA, 并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证, 共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1～742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)上获得.
用45箇已知功能的植物抗病(R)基因序列對粳稻全基因組序列進行搜索, 共找齣2119箇R基因同源序列或類似物(RGA), 錶明RGA在水稻基因組中成簇存在, 呈非隨機分佈. 採用隱馬爾柯伕模型(HMM), 將這些RGA按其功能域分成瞭21類. 將粳稻的RGA與秈稻的基因組序列進行比較, 共找到702箇兩亞種間等位的RGA, 併髮現其中有671箇(佔95.6%)RGA的基因組序列(包括編碼區和非編碼區)在兩亞種間存在長度差異(InDel), 錶明水稻RGA在兩亞種間存在很高的多態性. 通過在InDel兩側設計引物併進行e-PCR驗證, 共開髮齣402箇基于PCR的、錶現為共顯性的候選RGA標記. 這些候選標記在兩亞種間的長度差異在1～742 bp之間, 平均為10.26 bp. 有關數據均可從我們的網站(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)上穫得.
용45개이지공능적식물항병(R)기인서렬대갱도전기인조서렬진행수색, 공조출2119개R기인동원서렬혹유사물(RGA), 표명RGA재수도기인조중성족존재, 정비수궤분포. 채용은마이가부모형(HMM), 장저사RGA안기공능역분성료21류. 장갱도적RGA여선도적기인조서렬진행비교, 공조도702개량아충간등위적RGA, 병발현기중유671개(점95.6%)RGA적기인조서렬(포괄편마구화비편마구)재량아충간존재장도차이(InDel), 표명수도RGA재량아충간존재흔고적다태성. 통과재InDel량측설계인물병진행e-PCR험증, 공개발출402개기우PCR적、표현위공현성적후선RGA표기. 저사후선표기재량아충간적장도차이재1～742 bp지간, 평균위10.26 bp. 유관수거균가종아문적망참(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)상획득.
