中国组织工程研究与临床康复
中國組織工程研究與臨床康複
중국조직공정연구여림상강복
JOURNAL OF CLINICAL REHABILITATIVE TISSUE ENGINEERING RESEARCH
2011年
1期
78-81
,共4页
左长清%汪宗桂%吴铁%崔燎
左長清%汪宗桂%吳鐵%崔燎
좌장청%왕종계%오철%최료
胚胎干细胞%蛋白相互作用%生物信息学%核心转录因子%网络
胚胎榦細胞%蛋白相互作用%生物信息學%覈心轉錄因子%網絡
배태간세포%단백상호작용%생물신식학%핵심전록인자%망락
背景:外源性核心转录因子导入终末分化细胞能产生具有与胚胎干细胞特性相似的诱导多潜能干细胞,其复杂机制目前尚未完全阐明.目的:分析核心转录因子靶基因集蛋白互作网络特征,获得其影响"干性"特征的调控机制.方法:去除BioGRID数据库中的冗余数据,获得非冗余蛋白互作数据库.perl程序搜索靶基因集组成的蛋白互作对,广度优先算法搜索非冗余蛋白互作数据库,获得靶基因集组成的最大连续蛋白互作网络,同时进行1 000次随机抽样网络分析.通过Cytoscape软件对网络进行可视化分析.复杂无标度网络Barabasi-Albert模型分析网络特征.结果与结论:核心转录因子靶基因集形成更多的蛋白互作对,最大连续蛋白网络与随机蛋白网络相比具有明显的统计学差异,且核心转录因子靶基因集形成更大的互作网络.网络具有复杂网络无标度特性.该研究通过蛋白互作网络分析证明:靶基因集通过紧密相互作用,形成网络模块方式协调调控胚胎干细胞分子特性.
揹景:外源性覈心轉錄因子導入終末分化細胞能產生具有與胚胎榦細胞特性相似的誘導多潛能榦細胞,其複雜機製目前尚未完全闡明.目的:分析覈心轉錄因子靶基因集蛋白互作網絡特徵,穫得其影響"榦性"特徵的調控機製.方法:去除BioGRID數據庫中的冗餘數據,穫得非冗餘蛋白互作數據庫.perl程序搜索靶基因集組成的蛋白互作對,廣度優先算法搜索非冗餘蛋白互作數據庫,穫得靶基因集組成的最大連續蛋白互作網絡,同時進行1 000次隨機抽樣網絡分析.通過Cytoscape軟件對網絡進行可視化分析.複雜無標度網絡Barabasi-Albert模型分析網絡特徵.結果與結論:覈心轉錄因子靶基因集形成更多的蛋白互作對,最大連續蛋白網絡與隨機蛋白網絡相比具有明顯的統計學差異,且覈心轉錄因子靶基因集形成更大的互作網絡.網絡具有複雜網絡無標度特性.該研究通過蛋白互作網絡分析證明:靶基因集通過緊密相互作用,形成網絡模塊方式協調調控胚胎榦細胞分子特性.
배경:외원성핵심전록인자도입종말분화세포능산생구유여배태간세포특성상사적유도다잠능간세포,기복잡궤제목전상미완전천명.목적:분석핵심전록인자파기인집단백호작망락특정,획득기영향"간성"특정적조공궤제.방법:거제BioGRID수거고중적용여수거,획득비용여단백호작수거고.perl정서수색파기인집조성적단백호작대,엄도우선산법수색비용여단백호작수거고,획득파기인집조성적최대련속단백호작망락,동시진행1 000차수궤추양망락분석.통과Cytoscape연건대망락진행가시화분석.복잡무표도망락Barabasi-Albert모형분석망락특정.결과여결론:핵심전록인자파기인집형성경다적단백호작대,최대련속단백망락여수궤단백망락상비구유명현적통계학차이,차핵심전록인자파기인집형성경대적호작망락.망락구유복잡망락무표도특성.해연구통과단백호작망락분석증명:파기인집통과긴밀상호작용,형성망락모괴방식협조조공배태간세포분자특성.
