东北林业大学学报
東北林業大學學報
동북임업대학학보
JOURNAL OF NORTHEAST FORESTRY UNIVERSITY
2011年
1期
20-23
,共4页
贯春雨%张含国%张磊%朱航勇%邓继峰
貫春雨%張含國%張磊%硃航勇%鄧繼峰
관춘우%장함국%장뢰%주항용%산계봉
松科%落叶松%EST-SSR%引物开发
鬆科%落葉鬆%EST-SSR%引物開髮
송과%락협송%EST-SSR%인물개발
登陆NCBI的dbEST数据库搜索松科树种EST序列,应用SSRIT软件在线搜索EST-SSR,用Primer3设计EST-SSR引物.选用日本落叶松(L.leptolepis)×兴安落叶松(L.gmelinii)及其145个F1为检测植株,对所开发EST-SSR引物进行扩增,并以丙烯酰胺凝胶检测扩增产物,以获得适合落叶松的SSR引物,以期用于该家系的图谱构建及QTL定位的研究.NCBI数据库搜索松科EST序列40608条,使用SSRIT检测得到SSR位点1011个,频率为2.49%.使用primer 3设计EST-SSR引物132对.SSRs以二核苷酸重复最为常见,重复基元11种,重复数量5598个,占全部重复基元比例达到83.79%;其次为三核苷酸,重复基元40种,重复数量1067,占全部重复单元的比例为15.97%;四核苷酸为3种重复基元,重复数量16,所占比例为1.95%.经扩增检测125对EST-SSR引物在日×兴亲本及F1中获得扩增产物,占94.7%.
登陸NCBI的dbEST數據庫搜索鬆科樹種EST序列,應用SSRIT軟件在線搜索EST-SSR,用Primer3設計EST-SSR引物.選用日本落葉鬆(L.leptolepis)×興安落葉鬆(L.gmelinii)及其145箇F1為檢測植株,對所開髮EST-SSR引物進行擴增,併以丙烯酰胺凝膠檢測擴增產物,以穫得適閤落葉鬆的SSR引物,以期用于該傢繫的圖譜構建及QTL定位的研究.NCBI數據庫搜索鬆科EST序列40608條,使用SSRIT檢測得到SSR位點1011箇,頻率為2.49%.使用primer 3設計EST-SSR引物132對.SSRs以二覈苷痠重複最為常見,重複基元11種,重複數量5598箇,佔全部重複基元比例達到83.79%;其次為三覈苷痠,重複基元40種,重複數量1067,佔全部重複單元的比例為15.97%;四覈苷痠為3種重複基元,重複數量16,所佔比例為1.95%.經擴增檢測125對EST-SSR引物在日×興親本及F1中穫得擴增產物,佔94.7%.
등륙NCBI적dbEST수거고수색송과수충EST서렬,응용SSRIT연건재선수색EST-SSR,용Primer3설계EST-SSR인물.선용일본락협송(L.leptolepis)×흥안락협송(L.gmelinii)급기145개F1위검측식주,대소개발EST-SSR인물진행확증,병이병희선알응효검측확증산물,이획득괄합락협송적SSR인물,이기용우해가계적도보구건급QTL정위적연구.NCBI수거고수색송과EST서렬40608조,사용SSRIT검측득도SSR위점1011개,빈솔위2.49%.사용primer 3설계EST-SSR인물132대.SSRs이이핵감산중복최위상견,중복기원11충,중복수량5598개,점전부중복기원비례체도83.79%;기차위삼핵감산,중복기원40충,중복수량1067,점전부중복단원적비례위15.97%;사핵감산위3충중복기원,중복수량16,소점비례위1.95%.경확증검측125대EST-SSR인물재일×흥친본급F1중획득확증산물,점94.7%.
