CAJ | 학술논문

特殊密码子的鉴别是密码子用法研究中的重要课题,对基因工程领域中密码子优化的实验设计起到关键性作用.高频密码子提供了其中1种方法,但其界定标准仍存有问题.本文研发的高通量高频密码子软件HighCodon,解决了在海量序列数据中检验该标准的适用性问题的瓶颈,为相关研究提供有力的工具支持.该软件主要包括3个功能模块,即输入解析模块、密码子用法表生成模块和高频密码子鉴别模块,并具备3个显著特点:(1)多数据源性,可接受3种类型的输入,即本地FASTA格式的序列文件、本地密码子用法表(CUT)格式的CUT文件和远程密码子用法数据库(CUD)的CUT地址,兼顾本地和远程两种数据来源；(2)高灵活性,支持3种输入的混合形式；(3)高通量性,多条输入记录的批量处理.该软件与重要在线服务CUD具有良好的整合,可方便获取高达35799个物种的CUT,同时进行高频密码子分析.此外,为了便于CUT数据存储和交换,本文参照FASTA格式,提出1种CUT格式.
특수밀마자적감별시밀마자용법연구중적중요과제,대기인공정영역중밀마자우화적실험설계기도관건성작용.고빈밀마자제공료기중1충방법,단기계정표준잉존유문제.본문연발적고통량고빈밀마자연건HighCodon,해결료재해량서렬수거중검험해표준적괄용성문제적병경,위상관연구제공유력적공구지지.해연건주요포괄3개공능모괴,즉수입해석모괴、밀마자용법표생성모괴화고빈밀마자감별모괴,병구비3개현저특점:(1)다수거원성,가접수3충류형적수입,즉본지FASTA격식적서렬문건、본지밀마자용법표(CUT)격식적CUT문건화원정밀마자용법수거고(CUD)적CUT지지,겸고본지화원정량충수거래원；(2)고령활성,지지3충수입적혼합형식；(3)고통량성,다조수입기록적비량처리.해연건여중요재선복무CUD구유량호적정합,가방편획취고체35799개물충적CUT,동시진행고빈밀마자분석.차외,위료편우CUT수거존저화교환,본문삼조FASTA격식,제출1충CUT격식.