食用菌学报
食用菌學報
식용균학보
ACTA EDULIS FUNGI
2010年
2期
1-6
,共6页
香菇%EST序列%SSR标记%多态性%遗传多样性
香菇%EST序列%SSR標記%多態性%遺傳多樣性
향고%EST서렬%SSR표기%다태성%유전다양성
从NCBI中下载了12 184条香菇(Lentinula edodes)表达序列标签(expressed sequence tag,EST)序列,处理后得到全长3 681 177 bp的4 684个Unigene.在其中共发掘出142个简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),分布于120条EST中,分布频率为2.99% (平均分布距离:25.924 kb).其中,单、二、三核苷酸重复是主要的重复类型,A/T,AG/CT,ACG/CTG是单、二、三核苷酸的主要重复基序,分别占所有EST-SSR的23.23%、21.83%和10.56%.利用引物设计软件PrimerPremier5.0设计了40对引物,并利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶在18个香菇品种中进行检测.其中,22对引物为多态性引物,多态率为55%.应用NTSYS软件的聚类方法分析表明,18份材料遗传相似系数范围为0.375～0.984,与前人研究结果相符.
從NCBI中下載瞭12 184條香菇(Lentinula edodes)錶達序列標籤(expressed sequence tag,EST)序列,處理後得到全長3 681 177 bp的4 684箇Unigene.在其中共髮掘齣142箇簡單重複序列(simple sequence repeat, SSR),分佈于120條EST中,分佈頻率為2.99% (平均分佈距離:25.924 kb).其中,單、二、三覈苷痠重複是主要的重複類型,A/T,AG/CT,ACG/CTG是單、二、三覈苷痠的主要重複基序,分彆佔所有EST-SSR的23.23%、21.83%和10.56%.利用引物設計軟件PrimerPremier5.0設計瞭40對引物,併利用6%變性聚丙烯酰胺凝膠在18箇香菇品種中進行檢測.其中,22對引物為多態性引物,多態率為55%.應用NTSYS軟件的聚類方法分析錶明,18份材料遺傳相似繫數範圍為0.375～0.984,與前人研究結果相符.
종NCBI중하재료12 184조향고(Lentinula edodes)표체서렬표첨(expressed sequence tag,EST)서렬,처리후득도전장3 681 177 bp적4 684개Unigene.재기중공발굴출142개간단중복서렬(simple sequence repeat, SSR),분포우120조EST중,분포빈솔위2.99% (평균분포거리:25.924 kb).기중,단、이、삼핵감산중복시주요적중복류형,A/T,AG/CT,ACG/CTG시단、이、삼핵감산적주요중복기서,분별점소유EST-SSR적23.23%、21.83%화10.56%.이용인물설계연건PrimerPremier5.0설계료40대인물,병이용6%변성취병희선알응효재18개향고품충중진행검측.기중,22대인물위다태성인물,다태솔위55%.응용NTSYS연건적취류방법분석표명,18빈재료유전상사계수범위위0.375～0.984,여전인연구결과상부.
