东北林业大学学报
東北林業大學學報
동북임업대학학보
JOURNAL OF NORTHEAST FORESTRY UNIVERSITY
2012年
6期
76-80,88
,共6页
万志兵%王小龙%管宏伟%仰皖旭%尹佟明%张新叶
萬誌兵%王小龍%管宏偉%仰皖旭%尹佟明%張新葉
만지병%왕소룡%관굉위%앙환욱%윤동명%장신협
表达序列标签%SSR标记%杨树锈菌%微卫星变异
錶達序列標籤%SSR標記%楊樹鏽菌%微衛星變異
표체서렬표첨%SSR표기%양수수균%미위성변이
通过对64498条杨树锈菌EST进行拼接,得到1998个拼接片段(contigs),发现了604个SSR位点.在拼接片段中SSR平均密度为每736.6 bp含有1个SSR.在SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占总数的44.70％.在二碱基重复中,最主要的优势重复单元是AC和AT,三碱基中AGT和AAG为优势重复单元,四碱基、五碱基重复类型中,(AAAN)n和(AAAAN)n为对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含碱基A和T,研究还发现杨树锈菌表达序列中微卫星丰度很高.杨树锈菌突变频率很高,由试验结果推测杨树锈菌基因中含有的微卫星序列是杨树锈菌基因变异的一个重要驱动力.杨树锈菌EST序列中高度变异的微卫星(长度大于20 bp)约占15.07％.针对检测到的微卫星位点,共设计了455对引物,并选取了30个SSR引物对对杨树锈菌基因组DNA进行PCR扩增,其中有27个引物对扩增成功,占90.0％.扩增产物电泳结果显示,有21个引物对扩增出的谱带在预期片段大小范围之内,有8个引物对在杨树锈菌DNA中检测到了多态性,多态性引物对占26.7％.
通過對64498條楊樹鏽菌EST進行拼接,得到1998箇拼接片段(contigs),髮現瞭604箇SSR位點.在拼接片段中SSR平均密度為每736.6 bp含有1箇SSR.在SSR中,三覈苷痠重複基元的SSR類型最多,佔總數的44.70％.在二堿基重複中,最主要的優勢重複單元是AC和AT,三堿基中AGT和AAG為優勢重複單元,四堿基、五堿基重複類型中,(AAAN)n和(AAAAN)n為對應的優勢重複單元,這些優勢重複單元中富含堿基A和T,研究還髮現楊樹鏽菌錶達序列中微衛星豐度很高.楊樹鏽菌突變頻率很高,由試驗結果推測楊樹鏽菌基因中含有的微衛星序列是楊樹鏽菌基因變異的一箇重要驅動力.楊樹鏽菌EST序列中高度變異的微衛星(長度大于20 bp)約佔15.07％.針對檢測到的微衛星位點,共設計瞭455對引物,併選取瞭30箇SSR引物對對楊樹鏽菌基因組DNA進行PCR擴增,其中有27箇引物對擴增成功,佔90.0％.擴增產物電泳結果顯示,有21箇引物對擴增齣的譜帶在預期片段大小範圍之內,有8箇引物對在楊樹鏽菌DNA中檢測到瞭多態性,多態性引物對佔26.7％.
통과대64498조양수수균EST진행병접,득도1998개병접편단(contigs),발현료604개SSR위점.재병접편단중SSR평균밀도위매736.6 bp함유1개SSR.재SSR중,삼핵감산중복기원적SSR류형최다,점총수적44.70％.재이감기중복중,최주요적우세중복단원시AC화AT,삼감기중AGT화AAG위우세중복단원,사감기、오감기중복류형중,(AAAN)n화(AAAAN)n위대응적우세중복단원,저사우세중복단원중부함감기A화T,연구환발현양수수균표체서렬중미위성봉도흔고.양수수균돌변빈솔흔고,유시험결과추측양수수균기인중함유적미위성서렬시양수수균기인변이적일개중요구동력.양수수균EST서렬중고도변이적미위성(장도대우20 bp)약점15.07％.침대검측도적미위성위점,공설계료455대인물,병선취료30개SSR인물대대양수수균기인조DNA진행PCR확증,기중유27개인물대확증성공,점90.0％.확증산물전영결과현시,유21개인물대확증출적보대재예기편단대소범위지내,유8개인물대재양수수균DNA중검측도료다태성,다태성인물대점26.7％.
