计算机研究与发展
計算機研究與髮展
계산궤연구여발전
JOURNAL OF COMPUTER RESEARCH AND DEVELOPMENT
2011年
z2期
769-772
,共4页
陈垚亮%洪骥%崔万云%肖仰华
陳垚亮%洪驥%崔萬雲%肖仰華
진요량%홍기%최만운%초앙화
BWA Plus%基因序列比对%数据挖掘%生物信息学
BWA Plus%基因序列比對%數據挖掘%生物信息學
BWA Plus%기인서렬비대%수거알굴%생물신식학
如何提高下一代基因序列比对是当前生物信息学中一个重要的问题.当前广泛使用的下一代基因序列比对方法BWA由于需要对基因片段在一定编辑距离内进行模式穷举,会浪费大量的计算资源与时间.所介绍的演示系统基于BWA,提出了一种结合数据挖掘方法的匹配剪枝策略,能大大降低穷举模式的代价,从而显著提高算法效率.实验表明,本系统相比时下流行的系统效率提升20％左右,并且能够输出成通用的输出格式,已具备实用性.
如何提高下一代基因序列比對是噹前生物信息學中一箇重要的問題.噹前廣汎使用的下一代基因序列比對方法BWA由于需要對基因片段在一定編輯距離內進行模式窮舉,會浪費大量的計算資源與時間.所介紹的縯示繫統基于BWA,提齣瞭一種結閤數據挖掘方法的匹配剪枝策略,能大大降低窮舉模式的代價,從而顯著提高算法效率.實驗錶明,本繫統相比時下流行的繫統效率提升20％左右,併且能夠輸齣成通用的輸齣格式,已具備實用性.
여하제고하일대기인서렬비대시당전생물신식학중일개중요적문제.당전엄범사용적하일대기인서렬비대방법BWA유우수요대기인편단재일정편집거리내진행모식궁거,회낭비대량적계산자원여시간.소개소적연시계통기우BWA,제출료일충결합수거알굴방법적필배전지책략,능대대강저궁거모식적대개,종이현저제고산법효솔.실험표명,본계통상비시하류행적계통효솔제승20％좌우,병차능구수출성통용적수출격식,이구비실용성.
