科学通报
科學通報
과학통보
CHINESE SCIENCE BULLETIN
2007年
14期
1656-1664
,共9页
郭强%项安玲%杨清%邱承祥%杨志敏
郭彊%項安玲%楊清%邱承祥%楊誌敏
곽강%항안령%양청%구승상%양지민
miRNA%生物信息学预测%靶基因%马铃薯
miRNA%生物信息學預測%靶基因%馬鈴藷
miRNA%생물신식학예측%파기인%마령서
microRNA (miRNA)是一类调控真核基因转录后表达的非编码小分子RNA.大量研究表明,miRNA在调节生物功能方面起着重要的作用.目前发现miRNA的主要方法有直接克隆法和基于生物信息学的基因搜索和同源搜索.由于真核生物组织中有些miRNA的丰度较低,而且其表达具有组织和时序特异性,采用直接克隆法发现新的miRNA有时较为困难.采用生物信息学方法寻找未知miRNA是当前发现和鉴定miRNA的重要策略之一.本研究联合了几种生物信息学方法预测了马铃薯(Solanum tuberosum)中miRNA及其靶基因.通过把拟南芥、水稻等植物已知的miRNAs与马铃薯EST数据库进行比对搜索,筛选出候选的miRNA.之后,设置一系列严格的筛选标准,分析候选miRNA序列特征,包括碱基错配、二级结构、(A+U)含量、能量水平等.最后,从上述候选库中筛选出了22个miRNA.进一步利用新鉴定的miRNA序列,预测到43个靶基因.分析结果表明,上述大多数靶基因编码的产物为转录因子及重要代谢酶类,它们调控着植物的生长发育,信号转导及各种胁迫反应.
microRNA (miRNA)是一類調控真覈基因轉錄後錶達的非編碼小分子RNA.大量研究錶明,miRNA在調節生物功能方麵起著重要的作用.目前髮現miRNA的主要方法有直接剋隆法和基于生物信息學的基因搜索和同源搜索.由于真覈生物組織中有些miRNA的豐度較低,而且其錶達具有組織和時序特異性,採用直接剋隆法髮現新的miRNA有時較為睏難.採用生物信息學方法尋找未知miRNA是噹前髮現和鑒定miRNA的重要策略之一.本研究聯閤瞭幾種生物信息學方法預測瞭馬鈴藷(Solanum tuberosum)中miRNA及其靶基因.通過把擬南芥、水稻等植物已知的miRNAs與馬鈴藷EST數據庫進行比對搜索,篩選齣候選的miRNA.之後,設置一繫列嚴格的篩選標準,分析候選miRNA序列特徵,包括堿基錯配、二級結構、(A+U)含量、能量水平等.最後,從上述候選庫中篩選齣瞭22箇miRNA.進一步利用新鑒定的miRNA序列,預測到43箇靶基因.分析結果錶明,上述大多數靶基因編碼的產物為轉錄因子及重要代謝酶類,它們調控著植物的生長髮育,信號轉導及各種脅迫反應.
microRNA (miRNA)시일류조공진핵기인전록후표체적비편마소분자RNA.대량연구표명,miRNA재조절생물공능방면기착중요적작용.목전발현miRNA적주요방법유직접극륭법화기우생물신식학적기인수색화동원수색.유우진핵생물조직중유사miRNA적봉도교저,이차기표체구유조직화시서특이성,채용직접극륭법발현신적miRNA유시교위곤난.채용생물신식학방법심조미지miRNA시당전발현화감정miRNA적중요책략지일.본연구연합료궤충생물신식학방법예측료마령서(Solanum tuberosum)중miRNA급기파기인.통과파의남개、수도등식물이지적miRNAs여마령서EST수거고진행비대수색,사선출후선적miRNA.지후,설치일계렬엄격적사선표준,분석후선miRNA서렬특정,포괄감기착배、이급결구、(A+U)함량、능량수평등.최후,종상술후선고중사선출료22개miRNA.진일보이용신감정적miRNA서렬,예측도43개파기인.분석결과표명,상술대다수파기인편마적산물위전록인자급중요대사매류,타문조공착식물적생장발육,신호전도급각충협박반응.
