软件学报
軟件學報
연건학보
JOURNAL OF SOFTWARE
2010年
12期
3094-3105
,共12页
叶笑春%林伟%范东睿%张浩
葉笑春%林偉%範東睿%張浩
협소춘%림위%범동예%장호
序列比对算法%众核%并行%优化
序列比對算法%衆覈%併行%優化
서렬비대산법%음핵%병행%우화
在生物信息学中,蛋白质序列比对是最为重要的算法之一,生物技术的发展使得已知的序列库变得越来越庞大,这类算法本身又具有计算密集型的特点,这导致进行序列比对所消耗的时间也越来越长,目前的单核或者数量较少的多核系统均已经难以满足对计算速度的要求.Godson-T是一个包含诸多创新结构的众核平台,在该系统上实现了对一种蛋白质序列比对算法的并行化,并且结合蛋白质比对算法以及Godson-T结构的特征,针对同步开销、存储访问竞争以及负载均衡3个方面对算法进行了细致的优化,最终并行部分整体也获得了更优的、接近线性的加速比,并且实际性能远远优于基于AMD Opteron处理器的工作站平台.
在生物信息學中,蛋白質序列比對是最為重要的算法之一,生物技術的髮展使得已知的序列庫變得越來越龐大,這類算法本身又具有計算密集型的特點,這導緻進行序列比對所消耗的時間也越來越長,目前的單覈或者數量較少的多覈繫統均已經難以滿足對計算速度的要求.Godson-T是一箇包含諸多創新結構的衆覈平檯,在該繫統上實現瞭對一種蛋白質序列比對算法的併行化,併且結閤蛋白質比對算法以及Godson-T結構的特徵,針對同步開銷、存儲訪問競爭以及負載均衡3箇方麵對算法進行瞭細緻的優化,最終併行部分整體也穫得瞭更優的、接近線性的加速比,併且實際性能遠遠優于基于AMD Opteron處理器的工作站平檯.
재생물신식학중,단백질서렬비대시최위중요적산법지일,생물기술적발전사득이지적서렬고변득월래월방대,저류산법본신우구유계산밀집형적특점,저도치진행서렬비대소소모적시간야월래월장,목전적단핵혹자수량교소적다핵계통균이경난이만족대계산속도적요구.Godson-T시일개포함제다창신결구적음핵평태,재해계통상실현료대일충단백질서렬비대산법적병행화,병차결합단백질비대산법이급Godson-T결구적특정,침대동보개소、존저방문경쟁이급부재균형3개방면대산법진행료세치적우화,최종병행부분정체야획득료경우적、접근선성적가속비,병차실제성능원원우우기우AMD Opteron처리기적공작참평태.
