物理化学学报
物理化學學報
물이화학학보
ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
2005年
5期
504-507
,共4页
结合自由能%分子对接%评价函数%共同评价函数
結閤自由能%分子對接%評價函數%共同評價函數
결합자유능%분자대접%평개함수%공동평개함수
采用LigandFit作为构象采样工具,以230个蛋白质-配体复合物组成的预测集,系统地比较了14种自由能评价函数(Ligscore1、Ligscore2、Plp1、Plp2、Jain、Pmf、Ludi1、Ludi2、Ludi3、D-score、Pmf-score、G-score、Chemscore以及Xscore)对蛋白质和小分子之间的结合模式以及结合自由能的预测能力.Plp1、Plp2、G-score、Pmf和Xscore在预测测试集结合自由能时得到的分数同实验测定的结合自由能的线性相关系数大于50%.在识别配体分子实验结合构象的能力方面,选择测试构象与实际构象间的位置均方根偏差rmsd≤0.20nm作为评价标准,14种评价函数的成功率从46%到77%不等,其中Ligscorel、Ligscore2、Plp1、Plp2以及Xscore的成功率都在70%以上.将评价函数中的2个或者3个组合得到一组共同评价函数可以进一步提高实验构象的预测能力,其预测成功率可以达到80%.实验表明Xscore、Plp1和Plp2在对接和评价方面都得到较好的结果.
採用LigandFit作為構象採樣工具,以230箇蛋白質-配體複閤物組成的預測集,繫統地比較瞭14種自由能評價函數(Ligscore1、Ligscore2、Plp1、Plp2、Jain、Pmf、Ludi1、Ludi2、Ludi3、D-score、Pmf-score、G-score、Chemscore以及Xscore)對蛋白質和小分子之間的結閤模式以及結閤自由能的預測能力.Plp1、Plp2、G-score、Pmf和Xscore在預測測試集結閤自由能時得到的分數同實驗測定的結閤自由能的線性相關繫數大于50%.在識彆配體分子實驗結閤構象的能力方麵,選擇測試構象與實際構象間的位置均方根偏差rmsd≤0.20nm作為評價標準,14種評價函數的成功率從46%到77%不等,其中Ligscorel、Ligscore2、Plp1、Plp2以及Xscore的成功率都在70%以上.將評價函數中的2箇或者3箇組閤得到一組共同評價函數可以進一步提高實驗構象的預測能力,其預測成功率可以達到80%.實驗錶明Xscore、Plp1和Plp2在對接和評價方麵都得到較好的結果.
채용LigandFit작위구상채양공구,이230개단백질-배체복합물조성적예측집,계통지비교료14충자유능평개함수(Ligscore1、Ligscore2、Plp1、Plp2、Jain、Pmf、Ludi1、Ludi2、Ludi3、D-score、Pmf-score、G-score、Chemscore이급Xscore)대단백질화소분자지간적결합모식이급결합자유능적예측능력.Plp1、Plp2、G-score、Pmf화Xscore재예측측시집결합자유능시득도적분수동실험측정적결합자유능적선성상관계수대우50%.재식별배체분자실험결합구상적능력방면,선택측시구상여실제구상간적위치균방근편차rmsd≤0.20nm작위평개표준,14충평개함수적성공솔종46%도77%불등,기중Ligscorel、Ligscore2、Plp1、Plp2이급Xscore적성공솔도재70%이상.장평개함수중적2개혹자3개조합득도일조공동평개함수가이진일보제고실험구상적예측능력,기예측성공솔가이체도80%.실험표명Xscore、Plp1화Plp2재대접화평개방면도득도교호적결과.
