中国农业科学
中國農業科學
중국농업과학
SCIENTIA AGRICULTURA SINICA
2004年
3期
328-332
,共5页
汤继凤%曹永生%高丽锋%贾继增
湯繼鳳%曹永生%高麗鋒%賈繼增
탕계봉%조영생%고려봉%가계증
cSSR%EST-SSR%精确cSSR%复合型cSSR%遗传图谱%小麦
cSSR%EST-SSR%精確cSSR%複閤型cSSR%遺傳圖譜%小麥
cSSR%EST-SSR%정학cSSR%복합형cSSR%유전도보%소맥
存在于基因编码区的简单重复序列(又称cSSR或者EST-SSR),既可用作分子标记又可用于基因功能研究.Internet上大量的EST数据为cSSR标记的开发提供了丰富的资源.生物信息学是cSSR分子标记开发的有力工具.笔者构建的cSSR分子标记开发体系包括自行编制的SSR标记发掘程序SSRFinder,生物学家常用的引物设计程序Prime r 3和DNAstar,以及遗传定位程序MapMaker和图形显示程序JgeneMap.根据SSR分子标记发掘中存在的问题,提出了SSR分子标记发掘算法,并用此算法编写了程序SSRFinder.利用该程序不但可以从大量的EST序列中发掘cSSR标记,还能比较准确地进行统计和分析.JgeneMa p完善了GeneMa p的图形显示功能,增加了图片保存及调整图片大小和字体类型、大小的功能,具有友好的用户图形界面.用此体系已从小麦的3 7 2 7 0条EST中挖掘了1 2 2 8个精确cSSR(perfect cSSR)和8 7 5个复合型cSSR(compound cSSR);根据1 228个精确cSSR标记序列成功设计了5 9 7对引物,其中4 7 8对为有效扩增引物,在小麦遗传图谱上已经定位了6 6个标记.
存在于基因編碼區的簡單重複序列(又稱cSSR或者EST-SSR),既可用作分子標記又可用于基因功能研究.Internet上大量的EST數據為cSSR標記的開髮提供瞭豐富的資源.生物信息學是cSSR分子標記開髮的有力工具.筆者構建的cSSR分子標記開髮體繫包括自行編製的SSR標記髮掘程序SSRFinder,生物學傢常用的引物設計程序Prime r 3和DNAstar,以及遺傳定位程序MapMaker和圖形顯示程序JgeneMap.根據SSR分子標記髮掘中存在的問題,提齣瞭SSR分子標記髮掘算法,併用此算法編寫瞭程序SSRFinder.利用該程序不但可以從大量的EST序列中髮掘cSSR標記,還能比較準確地進行統計和分析.JgeneMa p完善瞭GeneMa p的圖形顯示功能,增加瞭圖片保存及調整圖片大小和字體類型、大小的功能,具有友好的用戶圖形界麵.用此體繫已從小麥的3 7 2 7 0條EST中挖掘瞭1 2 2 8箇精確cSSR(perfect cSSR)和8 7 5箇複閤型cSSR(compound cSSR);根據1 228箇精確cSSR標記序列成功設計瞭5 9 7對引物,其中4 7 8對為有效擴增引物,在小麥遺傳圖譜上已經定位瞭6 6箇標記.
존재우기인편마구적간단중복서렬(우칭cSSR혹자EST-SSR),기가용작분자표기우가용우기인공능연구.Internet상대량적EST수거위cSSR표기적개발제공료봉부적자원.생물신식학시cSSR분자표기개발적유력공구.필자구건적cSSR분자표기개발체계포괄자행편제적SSR표기발굴정서SSRFinder,생물학가상용적인물설계정서Prime r 3화DNAstar,이급유전정위정서MapMaker화도형현시정서JgeneMap.근거SSR분자표기발굴중존재적문제,제출료SSR분자표기발굴산법,병용차산법편사료정서SSRFinder.이용해정서불단가이종대량적EST서렬중발굴cSSR표기,환능비교준학지진행통계화분석.JgeneMa p완선료GeneMa p적도형현시공능,증가료도편보존급조정도편대소화자체류형、대소적공능,구유우호적용호도형계면.용차체계이종소맥적3 7 2 7 0조EST중알굴료1 2 2 8개정학cSSR(perfect cSSR)화8 7 5개복합형cSSR(compound cSSR);근거1 228개정학cSSR표기서렬성공설계료5 9 7대인물,기중4 7 8대위유효확증인물,재소맥유전도보상이경정위료6 6개표기.
