氨基酸和生物资源
氨基痠和生物資源
안기산화생물자원
AMINO ACIDS AND BIOTIC RESOURCES
2011年
2期
9-12
,共4页
猪链球菌%同义密码子%对应分析
豬鏈毬菌%同義密碼子%對應分析
저련구균%동의밀마자%대응분석
以猪链球菌GZ1为研究对象,利用Codon W在线工具、对应分析、ENC绘图(Nc-plot)等方法研究其基因组的密码子使用情况及影响因素.猪链球菌GZ1基因组中GC含量为41.4%,偏爱使用以U或A结尾的密码子,其密码子使用具有一定的偏好性.对应分析表明,第1条向量轴与CAI(R=-0.749,P<0.01)、G+C(R=-0.216,P<0.01)呈显著相关,表明基因的表达水平是影响其密码子使用偏好的主要因素,碱基组成对猪链球菌GZ1基因组水平上密码子使用偏好有一定的影响.此外,芳香族蛋白质也对其密码子使用偏好有一定的影响.而蛋白质的疏水性对猪链球菌GZ1基因组水平上密码子使用偏好无影响.这些结论将为进一步研究猪链球菌的基因组学奠定一定的基础.
以豬鏈毬菌GZ1為研究對象,利用Codon W在線工具、對應分析、ENC繪圖(Nc-plot)等方法研究其基因組的密碼子使用情況及影響因素.豬鏈毬菌GZ1基因組中GC含量為41.4%,偏愛使用以U或A結尾的密碼子,其密碼子使用具有一定的偏好性.對應分析錶明,第1條嚮量軸與CAI(R=-0.749,P<0.01)、G+C(R=-0.216,P<0.01)呈顯著相關,錶明基因的錶達水平是影響其密碼子使用偏好的主要因素,堿基組成對豬鏈毬菌GZ1基因組水平上密碼子使用偏好有一定的影響.此外,芳香族蛋白質也對其密碼子使用偏好有一定的影響.而蛋白質的疏水性對豬鏈毬菌GZ1基因組水平上密碼子使用偏好無影響.這些結論將為進一步研究豬鏈毬菌的基因組學奠定一定的基礎.
이저련구균GZ1위연구대상,이용Codon W재선공구、대응분석、ENC회도(Nc-plot)등방법연구기기인조적밀마자사용정황급영향인소.저련구균GZ1기인조중GC함량위41.4%,편애사용이U혹A결미적밀마자,기밀마자사용구유일정적편호성.대응분석표명,제1조향량축여CAI(R=-0.749,P<0.01)、G+C(R=-0.216,P<0.01)정현저상관,표명기인적표체수평시영향기밀마자사용편호적주요인소,감기조성대저련구균GZ1기인조수평상밀마자사용편호유일정적영향.차외,방향족단백질야대기밀마자사용편호유일정적영향.이단백질적소수성대저련구균GZ1기인조수평상밀마자사용편호무영향.저사결론장위진일보연구저련구균적기인조학전정일정적기출.
