四种常用高通量测序拼接软件的应用比较
사충상용고통량측서병접연건적응용비교
Comparison of the widely used high-throughput sequencing assembly software
  • 万方数据
    生物信息学 생물신식학
    BIOINFORMATICS
    2011年 2期 106-112 ,共7页

    朱大强%李存%陈斌%姜焕焕%江晓芳%安小平%米志强%陈禹保%童贻刚

    주대강%리존%진빈%강환환%강효방%안소평%미지강%진우보%동이강

    第二代测序%从头拼接%Velvet%ABySS%SOAPdenovo%CLC Genomic Workbench 第二代測序%從頭拼接%Velvet%ABySS%SOAPdenovo%CLC Genomic Workbench
    제이대측서%종두병접%Velvet%ABySS%SOAPdenovo%CLC Genomic Workbench
    新一代测序平台的诞生推动了对全基因组鸟枪法测序数据的拼接算法和软件的研究,自2005年以来多种用于高通量测序的序列拼接软件已经被开发出来,并且在不断地进行改进以提高拼接效果.本文利用目前广泛使用的高通量测序拼接软件Velvet、AbySS、SOAPdenovo和CLC Genomic Workbench分别对本试验室分离的一株噬菌体IME08的高通量测序结果进行拼接,介绍这几种拼接软件的安装使用及参数优化,并对不同软件的拼接结果进行比较,针对不同的拼接软件得到优化的拼接参数,可为其他研究人员使用上述软件提供参考借鉴.
    신일대측서평태적탄생추동료대전기인조조창법측서수거적병접산법화연건적연구,자2005년이래다충용우고통량측서적서렬병접연건이경피개발출래,병차재불단지진행개진이제고병접효과.본문이용목전엄범사용적고통량측서병접연건Velvet、AbySS、SOAPdenovo화CLC Genomic Workbench분별대본시험실분리적일주서균체IME08적고통량측서결과진행병접,개소저궤충병접연건적안장사용급삼수우화,병대불동연건적병접결과진행비교,침대불동적병접연건득도우화적병접삼수,가위기타연구인원사용상술연건제공삼고차감.
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