遗传
遺傳
유전
HEREDITAS(BEIJING)
2010年
12期
1296-1303
,共8页
陈丹%张雯%朱智东%黄银%王平%周贝贝%杨晓楠%肖华胜%张庆华
陳丹%張雯%硃智東%黃銀%王平%週貝貝%楊曉楠%肖華勝%張慶華
진단%장문%주지동%황은%왕평%주패패%양효남%초화성%장경화
靶序列捕获%第二代测序%液相杂交%油包水PCR
靶序列捕穫%第二代測序%液相雜交%油包水PCR
파서렬포획%제이대측서%액상잡교%유포수PCR
文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法, 并结合第二代测序技术, 以实现候选基因区段的深度测序.利用Agilent公司的eArray在线平台, 对1 250个基因的11 824个外显子共2 414 977 bp的基因组序列进行120个碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计, 并制备成SureSelect液相靶序列捕获试剂.选用2例人基因组DNA, 超声打断后末端补平并磷酸化, 连接SOLiD接头, 回收150bp～200bp的DNA片段, 与靶序列探针杂交捕获目标序列, 油包水微乳滴PCR扩增后, 磁珠分离富集, 上SOLiD测序系统通过工作流程分析(WFA)进行文库质量的评价, 或正式测序反应.结果显示对所包含的11 147个基因外显子片段设计出并合成了46 509个捕捉探针, 制备成SureSelect试剂盒.探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段, 定量PCR显示富集效率可达29倍.WFA分析表明文库可以在SOLiD仪器进行正式测序.测序结果显示靶序列区域的测序数占有效总测序数的比例达到70%, 覆盖率均在200×以上.结果表明本研究所建立的SureSelect基因组靶序列捕捉、富集建立测序文库的技术路线可行, 可直接用于SOLiD测序仪的测序.
文章旨在建立一種基因組目標靶序列捕捉文庫的方法, 併結閤第二代測序技術, 以實現候選基因區段的深度測序.利用Agilent公司的eArray在線平檯, 對1 250箇基因的11 824箇外顯子共2 414 977 bp的基因組序列進行120箇堿基長度的捕捉探針(釣餌)設計, 併製備成SureSelect液相靶序列捕穫試劑.選用2例人基因組DNA, 超聲打斷後末耑補平併燐痠化, 連接SOLiD接頭, 迴收150bp～200bp的DNA片段, 與靶序列探針雜交捕穫目標序列, 油包水微乳滴PCR擴增後, 磁珠分離富集, 上SOLiD測序繫統通過工作流程分析(WFA)進行文庫質量的評價, 或正式測序反應.結果顯示對所包含的11 147箇基因外顯子片段設計齣併閤成瞭46 509箇捕捉探針, 製備成SureSelect試劑盒.探針可有效地捕捉併富集基因組DNA的目標靶片段, 定量PCR顯示富集效率可達29倍.WFA分析錶明文庫可以在SOLiD儀器進行正式測序.測序結果顯示靶序列區域的測序數佔有效總測序數的比例達到70%, 覆蓋率均在200×以上.結果錶明本研究所建立的SureSelect基因組靶序列捕捉、富集建立測序文庫的技術路線可行, 可直接用于SOLiD測序儀的測序.
문장지재건립일충기인조목표파서렬포착문고적방법, 병결합제이대측서기술, 이실현후선기인구단적심도측서.이용Agilent공사적eArray재선평태, 대1 250개기인적11 824개외현자공2 414 977 bp적기인조서렬진행120개감기장도적포착탐침(조이)설계, 병제비성SureSelect액상파서렬포획시제.선용2례인기인조DNA, 초성타단후말단보평병린산화, 련접SOLiD접두, 회수150bp～200bp적DNA편단, 여파서렬탐침잡교포획목표서렬, 유포수미유적PCR확증후, 자주분리부집, 상SOLiD측서계통통과공작류정분석(WFA)진행문고질량적평개, 혹정식측서반응.결과현시대소포함적11 147개기인외현자편단설계출병합성료46 509개포착탐침, 제비성SureSelect시제합.탐침가유효지포착병부집기인조DNA적목표파편단, 정량PCR현시부집효솔가체29배.WFA분석표명문고가이재SOLiD의기진행정식측서.측서결과현시파서렬구역적측서수점유효총측서수적비례체도70%, 복개솔균재200×이상.결과표명본연구소건립적SureSelect기인조파서렬포착、부집건립측서문고적기술로선가행, 가직접용우SOLiD측서의적측서.
