生物信息学
生物信息學
생물신식학
BIOINFORMATICS
2011年
1期
50-53,59
,共5页
周辉云%李庆平%吴晗%何庆玲%宋成义%陈国宏
週輝雲%李慶平%吳晗%何慶玲%宋成義%陳國宏
주휘운%리경평%오함%하경령%송성의%진국굉
生物信息学%PSP-Ⅰ%PSP-Ⅱ%启动子
生物信息學%PSP-Ⅰ%PSP-Ⅱ%啟動子
생물신식학%PSP-Ⅰ%PSP-Ⅱ%계동자
分别用PCR方法扩增了1.7kbp和1.6kbp的猪PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因的启动子,并进行TA克隆,测序鉴定,测序结果用DNAstar程序与Genebank中的相应序列进行对比分析,结果显示与已发表序列的同源性分别为99.8%和96.3%.利用生物信息学的方法对克隆的1.7kbp和1.6kbp的猪PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因的启动子区进行了预测分析.PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因序列对比(mVista)分析发现,启动子0→-1000bp的保守性较高,其中0→-200bp核心启动子部分的序列同源性达到了100%,而-1000bp上游序列的保守性则较低.启动子的位置预测(Promoter Scan)结果显示,转录起始点上游200bp的区域为两基因的核心启动子位置.启动子区转录因子结合位点预测(TFSEARCH)发现,转录起始位点上游的1000bp区域内含有大量的顺式调控元件,并且得到了一系列潜在的转录因子结合位点.
分彆用PCR方法擴增瞭1.7kbp和1.6kbp的豬PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因的啟動子,併進行TA剋隆,測序鑒定,測序結果用DNAstar程序與Genebank中的相應序列進行對比分析,結果顯示與已髮錶序列的同源性分彆為99.8%和96.3%.利用生物信息學的方法對剋隆的1.7kbp和1.6kbp的豬PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因的啟動子區進行瞭預測分析.PSP-Ⅰ和PSP-Ⅱ基因序列對比(mVista)分析髮現,啟動子0→-1000bp的保守性較高,其中0→-200bp覈心啟動子部分的序列同源性達到瞭100%,而-1000bp上遊序列的保守性則較低.啟動子的位置預測(Promoter Scan)結果顯示,轉錄起始點上遊200bp的區域為兩基因的覈心啟動子位置.啟動子區轉錄因子結閤位點預測(TFSEARCH)髮現,轉錄起始位點上遊的1000bp區域內含有大量的順式調控元件,併且得到瞭一繫列潛在的轉錄因子結閤位點.
분별용PCR방법확증료1.7kbp화1.6kbp적저PSP-Ⅰ화PSP-Ⅱ기인적계동자,병진행TA극륭,측서감정,측서결과용DNAstar정서여Genebank중적상응서렬진행대비분석,결과현시여이발표서렬적동원성분별위99.8%화96.3%.이용생물신식학적방법대극륭적1.7kbp화1.6kbp적저PSP-Ⅰ화PSP-Ⅱ기인적계동자구진행료예측분석.PSP-Ⅰ화PSP-Ⅱ기인서렬대비(mVista)분석발현,계동자0→-1000bp적보수성교고,기중0→-200bp핵심계동자부분적서렬동원성체도료100%,이-1000bp상유서렬적보수성칙교저.계동자적위치예측(Promoter Scan)결과현시,전록기시점상유200bp적구역위량기인적핵심계동자위치.계동자구전록인자결합위점예측(TFSEARCH)발현,전록기시위점상유적1000bp구역내함유대량적순식조공원건,병차득도료일계렬잠재적전록인자결합위점.
