计算机与应用化学
計算機與應用化學
계산궤여응용화학
COMPUTERS AND APPLIED CHEMISTRY
2011年
9期
1199-1202
,共4页
何胜%吴访升%潘瑜%徐明亮%杨莉%李炜疆
何勝%吳訪升%潘瑜%徐明亮%楊莉%李煒疆
하성%오방승%반유%서명량%양리%리위강
代谢方程%代谢网络%可视化
代謝方程%代謝網絡%可視化
대사방정%대사망락%가시화
代谢网络的拓扑结构分析和可视化是系统生物学研究的热点.如何自动合理地由数量众多的代谢方程构建代谢网络是研究者首先面临的问题.基于二部图模型,聚用“节点唯一化”和“忽略高度节点”策略,提出一种由代谢方程直接构建代谢网络的方法,并给出MATLAB 实现步骤,最后使用生物网络模拟软件可视化生成的代谢网络,结果表明这种方法能用来构建复杂代谢网络,并具有较好展现网络模块和拓扑结构的特点,适用于由大量代谢反应方程自动构建复杂代谢网络的一般应用需求.该方法的MATLAB源码和说明文档可以通过http://bioinf.jiangnan.edu.cn/在线获得.
代謝網絡的拓撲結構分析和可視化是繫統生物學研究的熱點.如何自動閤理地由數量衆多的代謝方程構建代謝網絡是研究者首先麵臨的問題.基于二部圖模型,聚用“節點唯一化”和“忽略高度節點”策略,提齣一種由代謝方程直接構建代謝網絡的方法,併給齣MATLAB 實現步驟,最後使用生物網絡模擬軟件可視化生成的代謝網絡,結果錶明這種方法能用來構建複雜代謝網絡,併具有較好展現網絡模塊和拓撲結構的特點,適用于由大量代謝反應方程自動構建複雜代謝網絡的一般應用需求.該方法的MATLAB源碼和說明文檔可以通過http://bioinf.jiangnan.edu.cn/在線穫得.
대사망락적탁복결구분석화가시화시계통생물학연구적열점.여하자동합리지유수량음다적대사방정구건대사망락시연구자수선면림적문제.기우이부도모형,취용“절점유일화”화“홀략고도절점”책략,제출일충유대사방정직접구건대사망락적방법,병급출MATLAB 실현보취,최후사용생물망락모의연건가시화생성적대사망락,결과표명저충방법능용래구건복잡대사망락,병구유교호전현망락모괴화탁복결구적특점,괄용우유대량대사반응방정자동구건복잡대사망락적일반응용수구.해방법적MATLAB원마화설명문당가이통과http://bioinf.jiangnan.edu.cn/재선획득.
