CAJ | 학술논문

以氯高铁血红素(hemin)诱导K562分化作为体外红细胞分化模型,结合cDNA大规模测序、生物信息学分析、基因芯片杂交和Northern Blot分析等技术,筛选红细胞分化相关的新基因.首先利用大规模测序技术从人胚肾cDNA文库中随机挑选克隆测得192个EST(expressed sequence tags)片段,经在线生物信息学分析,得到79个代表新基因的未知EST片段,并在NCBI(National Center dBiotechnology Information)dbEST库中登录.利用79个EST cDNA片段制备了基因芯片.提取分化前后的K562细胞的mRNA作为荧光标记反转录的模板,反转录后的探针用于DNA芯片杂交.分析杂交后的结果,得到了2个差异表达较明显的基因,GenBank登录号分别为AF147772(187bp)和AH7762(630 bp),并分别命名为EDRG1和EDRG2(erythroid differentiation related gene 1 and 2),相似性检索表明它们属全新基因,基因组草图测序数据库检索表明了两个基因的染色体定位.随后的Northern印迹用于验证了在分化前后的K562细胞中差异表达.提示这两个基因参与了红细胞分化过程.RT-PCR检测了EDRG1和EDRG2在人胚胎多组织中的表达.结果提示,EDRG1可能与多种胚组织的正常发育相关,尤其在胚脑中高丰度表达,而EDRG2则可能参与了胚心和胚肾的组织生成.生物信息学在线分析结果表明,这两个基因分布定位在第12号(EDRG1)和16号(EDRG2)人染色体,参与了人的早期胚胎发育.利用相关软件在计算机上模拟了EDRG2 mRNA的二级结构,根据二级结构特征设计了针对EDRG2 mRNA 5＇-邻近预测中的起始密码子的一段序列的反义寡核苷酸.全硫代修饰的反义寡核苷酸转染K562细胞,EDRG2 mRNA的合成受到明显的下调,α-珠蛋白的合成受到抑制.说明EDRG2参与了红白血病细胞中的红细胞终末分化过程.
이록고철혈홍소(hemin)유도K562분화작위체외홍세포분화모형,결합cDNA대규모측서、생물신식학분석、기인심편잡교화Northern Blot분석등기술,사선홍세포분화상관적신기인.수선이용대규모측서기술종인배신cDNA문고중수궤도선극륭측득192개EST(expressed sequence tags)편단,경재선생물신식학분석,득도79개대표신기인적미지EST편단,병재NCBI(National Center dBiotechnology Information)dbEST고중등록.이용79개EST cDNA편단제비료기인심편.제취분화전후적K562세포적mRNA작위형광표기반전록적모판,반전록후적탐침용우DNA심편잡교.분석잡교후적결과,득도료2개차이표체교명현적기인,GenBank등록호분별위AF147772(187bp)화AH7762(630 bp),병분별명명위EDRG1화EDRG2(erythroid differentiation related gene 1 and 2),상사성검색표명타문속전신기인,기인조초도측서수거고검색표명료량개기인적염색체정위.수후적Northern인적용우험증료재분화전후적K562세포중차이표체.제시저량개기인삼여료홍세포분화과정.RT-PCR검측료EDRG1화EDRG2재인배태다조직중적표체.결과제시,EDRG1가능여다충배조직적정상발육상관,우기재배뇌중고봉도표체,이EDRG2칙가능삼여료배심화배신적조직생성.생물신식학재선분석결과표명,저량개기인분포정위재제12호(EDRG1)화16호(EDRG2)인염색체,삼여료인적조기배태발육.이용상관연건재계산궤상모의료EDRG2 mRNA적이급결구,근거이급결구특정설계료침대EDRG2 mRNA 5＇-린근예측중적기시밀마자적일단서렬적반의과핵감산.전류대수식적반의과핵감산전염K562세포,EDRG2 mRNA적합성수도명현적하조,α-주단백적합성수도억제.설명EDRG2삼여료홍백혈병세포중적홍세포종말분화과정.