CAJ | 학술논문

利用第二代测序技术测定海洋生物转录组已成为揭示海洋生物分子生物学机制的重要工具.以长度为10 nt的不同多重标签(multiplex identifier)进行区分,构建了杂色鲍(Haliotis diversicolor)、僧帽牡蛎(Saccostrea cucullata)和亚心形扁藻(Platymonas subcordi ormis)3种海洋生物的12个多重标签转录组文库.以合适的比例对各文库进行混合,利用定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000等3种DNA浓度测定方法测定每个多重标签转录组文库的DNA浓度,3种方法的数值均一化并加权平均后,按照预定比例混合.为评估文库质量,先采用传统的Sanger测序测定了混合文库的192条序列,发现191条序列具有符合Roche/454高通量测序要求的AB格式,即一端为454A序列,另一端为454B序列；其中189条序列能分辨出其带有的多重标签；插入的平均长度为348 bp.然后通过Roche/454的滴定测序获得了34642条序列,其中32872条序列(94.9％)能分辨出其带有的多重标签,能够精确地分配到12个转录组,并且利用滴定测序结果计算出每个转录组文库的真实比例,对定量PCR、Qubit和NanoDrop-1000进行了评估,结果表明定量PCR是相对准确的定量方法.以上的评估表明所建立的转录组文库构建方法是稳定可靠的,可以广泛应用于转录组学研究.
이용제이대측서기술측정해양생물전록조이성위게시해양생물분자생물학궤제적중요공구.이장도위10 nt적불동다중표첨(multiplex identifier)진행구분,구건료 잡색포(Haliotis diversicolor)、승모모려(Saccostrea cucullata)화아심형편조(Platymonas subcordi ormis)3충해양생물적12개다중표첨전록조문고.이합괄적비례대각문고진행혼합,이용정량PCR、Qubit화NanoDrop-1000등3충DNA농도측정방법측정매개다중표첨전록조문고적DNA농도,3충방법적수치균일화병가권평균후,안조예정비례혼합.위평고문고질량,선채용전통적Sanger측서측정료혼합문고적192조서렬,발현191조서렬구유부합Roche/454고통량측서요구적AB격식,즉일단위454A서렬,령일단위454B서렬；기중189조서렬능분변출기대유적다중표첨；삽입적평균장도위348 bp.연후통과Roche/454적적정측서획득료34642조서렬,기중32872조서렬(94.9％)능분변출기대유적다중표첨,능구정학지분배도12개전록조,병차이용적정측서결과계산출매개전록조문고적진실비례,대정량PCR、Qubit화NanoDrop-1000진행료평고,결과표명정량PCR시상대준학적정량방법.이상적평고표명소건립적전록조문고구건방법시은정가고적,가이엄범응용우전록조학연구.