10828条籼稻全长cDNA的分离和注释
10828조선도전장cDNA적분리화주석
  • 万方数据
    中国科学C辑 중국과학C집
    SCIENCE IN CHINA (SERIES C)
    2005年 1期 6-12 ,共7页

    谢卡斌%张建伟%向勇%冯旗%韩斌%储昭晖%王石平%张启发%熊立仲

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    水稻%籼稻%功能基因组 水稻%秈稻%功能基因組
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    全长cDNA对基因组学和蛋白质组学研究有着非常重要的价值.以分离籼稻基因组全长cDNA为目标,从优良的籼稻恢复系明恢63中分离到10828条非冗余的全长cDNA,其中780条是新的水稻表达序列.所得到的全长cDNA至少满足以下两个条件之一:(i)5'端序列包含粳稻日本晴的全长cDNA所预测的完整的ORF(9078条);(ii)包含同源蛋白质对应的完整N末端编码序列(6543条).在分离到的全长cDNA中,53%的序列比报道的粳稻全长cDNA有更长的5'端非翻译区(5'UTR);90.28%(9776条)的序列能定位到粳稻基因组序列上,92.78%(10046条)的序列可以定位到籼稻基因组序列上;8216条序列能与日本晴的全长cDNA序列定位到粳稻基因组序列的同一位置上,籼粳间cDNA序列的平均相似性为99.2%;90%以上的全长cDNA能进行GO(gene ontology)分类.在780条新的cDNA中,60%以上的找不到任何同源蛋白序列.
    전장cDNA대기인조학화단백질조학연구유착비상중요적개치.이분리선도기인조전장cDNA위목표,종우량적선도회복계명회63중분리도10828조비용여적전장cDNA,기중780조시신적수도표체서렬.소득도적전장cDNA지소만족이하량개조건지일:(i)5'단서렬포함갱도일본청적전장cDNA소예측적완정적ORF(9078조);(ii)포함동원단백질대응적완정N말단편마서렬(6543조).재분리도적전장cDNA중,53%적서렬비보도적갱도전장cDNA유경장적5'단비번역구(5'UTR);90.28%(9776조)적서렬능정위도갱도기인조서렬상,92.78%(10046조)적서렬가이정위도선도기인조서렬상;8216조서렬능여일본청적전장cDNA서렬정위도갱도기인조서렬적동일위치상,선갱간cDNA서렬적평균상사성위99.2%;90%이상적전장cDNA능진행GO(gene ontology)분류.재780조신적cDNA중,60%이상적조불도임하동원단백서렬.
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