计算机工程与科学
計算機工程與科學
계산궤공정여과학
COMPUTER ENGINEERING & SCIENCE
2010年
8期
104-107,111
,共5页
周婷婷%容健锋%王正华%董蕴源%王勇献%朱云平
週婷婷%容健鋒%王正華%董蘊源%王勇獻%硃雲平
주정정%용건봉%왕정화%동온원%왕용헌%주운평
代谢网络%网络构建%KEGG数据库%Web服务%MySQL
代謝網絡%網絡構建%KEGG數據庫%Web服務%MySQL
대사망락%망락구건%KEGG수거고%Web복무%MySQL
从代谢物、酶和生化反应信息重新构建正确的代谢网络是各项代谢网络相关研究非常关键的第一步.针对以往重构方法存在的数据难以及时更新、数据有冗余、获取数据慢等问题,本文采用分而治之的递归策略,提出了一种基于KEGG数据库自下而上重构全物种代谢网络的新方法.与以前的方法相比,本方法的优点在于:使用KEGG的Web服务获取数据,以保证数据的准确性和及时更新;依靠KEGG/PATHWAY库的数据选择机制选取数据,以保证构建网络的数据无冗余;整个方法基于Java实现,保证程序的跨平台通用性;通过构建MySQL本地数据库将远程数据本地化,大大降低数据读取的时耗.评估结果显示,该方法不仅能够保证重建网络数据的准确性和及时更新,而且有效地提高了多物种多次重构情况下的网络重构效率.
從代謝物、酶和生化反應信息重新構建正確的代謝網絡是各項代謝網絡相關研究非常關鍵的第一步.針對以往重構方法存在的數據難以及時更新、數據有冗餘、穫取數據慢等問題,本文採用分而治之的遞歸策略,提齣瞭一種基于KEGG數據庫自下而上重構全物種代謝網絡的新方法.與以前的方法相比,本方法的優點在于:使用KEGG的Web服務穫取數據,以保證數據的準確性和及時更新;依靠KEGG/PATHWAY庫的數據選擇機製選取數據,以保證構建網絡的數據無冗餘;整箇方法基于Java實現,保證程序的跨平檯通用性;通過構建MySQL本地數據庫將遠程數據本地化,大大降低數據讀取的時耗.評估結果顯示,該方法不僅能夠保證重建網絡數據的準確性和及時更新,而且有效地提高瞭多物種多次重構情況下的網絡重構效率.
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