浙江大学学报(农业与生命科学版)
浙江大學學報(農業與生命科學版)
절강대학학보(농업여생명과학판)
JOURNAL OF ZHEJIANG UNIVERSITY(AGRICULTURE & LIFE SCIENCES)
2006年
6期
598-605
,共8页
张弢%向珣%叶纨芝%余小林%曹家树
張弢%嚮珣%葉紈芝%餘小林%曹傢樹
장도%향순%협환지%여소림%조가수
芜菁%BcMF2r%花粉发育%克隆%生物信息学
蕪菁%BcMF2r%花粉髮育%剋隆%生物信息學
무정%BcMF2r%화분발육%극륭%생물신식학
根据白菜花粉特异的多聚半乳糖醛酸酶基因BcMF2的全长序列设计引物,通过PCR直接扩增的方法从'温州盘菜'芜菁(Brassica campestris L. spp. rapifera cv. Wenzhoupancai)中克隆到了BcMF2的同源基因,命名为BcMF2r.经与白菜BcMF2基因序列比较,DNA全长序列相似性高达90%.Blast搜索结果表明,BcMF2r与拟南芥外切多聚半乳糖醛酸酶在氨基酸水平的的相似性为87%,推测BcMF2r属于多聚半乳糖醛酸酶基因.BcMF2r基因最大开放阅读框为1263 bp,编码420个氨基酸序列,编码的蛋白质分子量为43.8 kDa,等电点为8.108;碱性氨基酸(K, R) 36个;酸性氨基酸(D, E) 32个;疏水氨基酸(A, I, L, F, W, V)152个;极性氨基酸(N, C, Q, S, T, Y)113个.推导的氨基酸序列通过Prosite数据库查询,发现该序列包括3个N-糖基化位点,4个蛋白激酶C磷酸化位点,6个酪蛋白激酶II磷酸化位点,12个N-豆蔻酰化位点, 1个多聚半乳糖醛酸酶活性位点(257RVTCGPGHGLSVGS)等.通过PROFsec预测BcMF2r蛋白质的二级结构,表明该蛋白含7.86% helix,46.90% sheet和45.24% loop.将BcMF2r基因氨基酸序列与数据库中的其他植物PG序列进行同源序列比对,构建系统进化树,发现该基因具有所有PG基因特有的4个保守结构域,并且与花粉中特异表达的PG基因聚为一类,进一步证明了该基因可能是与花粉发育相关的多聚半乳糖醛酸酶基因,在花粉萌发和花粉管伸长中起作用.
根據白菜花粉特異的多聚半乳糖醛痠酶基因BcMF2的全長序列設計引物,通過PCR直接擴增的方法從'溫州盤菜'蕪菁(Brassica campestris L. spp. rapifera cv. Wenzhoupancai)中剋隆到瞭BcMF2的同源基因,命名為BcMF2r.經與白菜BcMF2基因序列比較,DNA全長序列相似性高達90%.Blast搜索結果錶明,BcMF2r與擬南芥外切多聚半乳糖醛痠酶在氨基痠水平的的相似性為87%,推測BcMF2r屬于多聚半乳糖醛痠酶基因.BcMF2r基因最大開放閱讀框為1263 bp,編碼420箇氨基痠序列,編碼的蛋白質分子量為43.8 kDa,等電點為8.108;堿性氨基痠(K, R) 36箇;痠性氨基痠(D, E) 32箇;疏水氨基痠(A, I, L, F, W, V)152箇;極性氨基痠(N, C, Q, S, T, Y)113箇.推導的氨基痠序列通過Prosite數據庫查詢,髮現該序列包括3箇N-糖基化位點,4箇蛋白激酶C燐痠化位點,6箇酪蛋白激酶II燐痠化位點,12箇N-豆蔻酰化位點, 1箇多聚半乳糖醛痠酶活性位點(257RVTCGPGHGLSVGS)等.通過PROFsec預測BcMF2r蛋白質的二級結構,錶明該蛋白含7.86% helix,46.90% sheet和45.24% loop.將BcMF2r基因氨基痠序列與數據庫中的其他植物PG序列進行同源序列比對,構建繫統進化樹,髮現該基因具有所有PG基因特有的4箇保守結構域,併且與花粉中特異錶達的PG基因聚為一類,進一步證明瞭該基因可能是與花粉髮育相關的多聚半乳糖醛痠酶基因,在花粉萌髮和花粉管伸長中起作用.
근거백채화분특이적다취반유당철산매기인BcMF2적전장서렬설계인물,통과PCR직접확증적방법종'온주반채'무정(Brassica campestris L. spp. rapifera cv. Wenzhoupancai)중극륭도료BcMF2적동원기인,명명위BcMF2r.경여백채BcMF2기인서렬비교,DNA전장서렬상사성고체90%.Blast수색결과표명,BcMF2r여의남개외절다취반유당철산매재안기산수평적적상사성위87%,추측BcMF2r속우다취반유당철산매기인.BcMF2r기인최대개방열독광위1263 bp,편마420개안기산서렬,편마적단백질분자량위43.8 kDa,등전점위8.108;감성안기산(K, R) 36개;산성안기산(D, E) 32개;소수안기산(A, I, L, F, W, V)152개;겁성안기산(N, C, Q, S, T, Y)113개.추도적안기산서렬통과Prosite수거고사순,발현해서렬포괄3개N-당기화위점,4개단백격매C린산화위점,6개락단백격매II린산화위점,12개N-두구선화위점, 1개다취반유당철산매활성위점(257RVTCGPGHGLSVGS)등.통과PROFsec예측BcMF2r단백질적이급결구,표명해단백함7.86% helix,46.90% sheet화45.24% loop.장BcMF2r기인안기산서렬여수거고중적기타식물PG서렬진행동원서렬비대,구건계통진화수,발현해기인구유소유PG기인특유적4개보수결구역,병차여화분중특이표체적PG기인취위일류,진일보증명료해기인가능시여화분발육상관적다취반유당철산매기인,재화분맹발화화분관신장중기작용.