计算机科学
計算機科學
계산궤과학
COMPUTER SCIENCE
2007年
2期
178-180
,共3页
何彩升%戴宪华%向倩%王江%邓泱泱%戴智明
何綵升%戴憲華%嚮倩%王江%鄧泱泱%戴智明
하채승%대헌화%향천%왕강%산앙앙%대지명
生物信息学%吉布斯采样%转录因子结合位点
生物信息學%吉佈斯採樣%轉錄因子結閤位點
생물신식학%길포사채양%전록인자결합위점
计算机方法识别转录因子结合位点(TFBS,也称"模式")是目前生物信息学的一个很有吸引性和挑战性的课题.吉布斯采样识别模式的算法本质上是一个启发式搜索方法,容易陷入非全局最优的局部最大值.为此,提出了一种改进的吉布斯采样策略YGMS(Yeast Gibbs Motif Sampler)来识别酿酒酵母共表达基因调控区域转录因子结合位点.在酵母的共调控基因序列的数据集测试中,YGMS比其他几个基于吉布斯采样算法更有效地识别出真实模式序列,在一定程度上提高了算法的性能.
計算機方法識彆轉錄因子結閤位點(TFBS,也稱"模式")是目前生物信息學的一箇很有吸引性和挑戰性的課題.吉佈斯採樣識彆模式的算法本質上是一箇啟髮式搜索方法,容易陷入非全跼最優的跼部最大值.為此,提齣瞭一種改進的吉佈斯採樣策略YGMS(Yeast Gibbs Motif Sampler)來識彆釀酒酵母共錶達基因調控區域轉錄因子結閤位點.在酵母的共調控基因序列的數據集測試中,YGMS比其他幾箇基于吉佈斯採樣算法更有效地識彆齣真實模式序列,在一定程度上提高瞭算法的性能.
계산궤방법식별전록인자결합위점(TFBS,야칭"모식")시목전생물신식학적일개흔유흡인성화도전성적과제.길포사채양식별모식적산법본질상시일개계발식수색방법,용역함입비전국최우적국부최대치.위차,제출료일충개진적길포사채양책략YGMS(Yeast Gibbs Motif Sampler)래식별양주효모공표체기인조공구역전록인자결합위점.재효모적공조공기인서렬적수거집측시중,YGMS비기타궤개기우길포사채양산법경유효지식별출진실모식서렬,재일정정도상제고료산법적성능.
