生物化学与生物物理进展
生物化學與生物物理進展
생물화학여생물물리진전
PROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS
2002年
5期
760-765
,共6页
刘蓉%王月兰%朱小蓬%凌伦奖%韩汝珊
劉蓉%王月蘭%硃小蓬%凌倫獎%韓汝珊
류용%왕월란%주소봉%릉륜장%한여산
基因组分%遗传距离%COGs%Fisher线性判别函数
基因組分%遺傳距離%COGs%Fisher線性判彆函數
기인조분%유전거리%COGs%Fisher선성판별함수
利用全基因组信息构建系统发育树.基于COGs类,对每一个基因组的每一个基因,都用一个17维的向量来描述其编码蛋白隶属于17个COGs类的程度;而与一个基因组的所有基因相对应的那些矢量就组成一个集合.接着,利用Fisher线性判别函数,寻找一组最优化的权重因子;在此基础上利用Fisher线性变换将上述各集合中每一个矢量进行线性变换.使得经Fisher线性变换后17个COGs类对基因组进化的重要程度得到更准确的反映.最后,用进行变换后的矢量组成的集合间的距离代替基因组之间的距离.使用这种方法,分别用38个和43个基因组做的进化树都支持了Woese的三界理论.该方法克服了其他基于全基因组信息构建系统发育树方法难以对大小相差很大的基因组进行比较的问题,并能减少基因横向迁移对基因组间距离的扭曲.
利用全基因組信息構建繫統髮育樹.基于COGs類,對每一箇基因組的每一箇基因,都用一箇17維的嚮量來描述其編碼蛋白隸屬于17箇COGs類的程度;而與一箇基因組的所有基因相對應的那些矢量就組成一箇集閤.接著,利用Fisher線性判彆函數,尋找一組最優化的權重因子;在此基礎上利用Fisher線性變換將上述各集閤中每一箇矢量進行線性變換.使得經Fisher線性變換後17箇COGs類對基因組進化的重要程度得到更準確的反映.最後,用進行變換後的矢量組成的集閤間的距離代替基因組之間的距離.使用這種方法,分彆用38箇和43箇基因組做的進化樹都支持瞭Woese的三界理論.該方法剋服瞭其他基于全基因組信息構建繫統髮育樹方法難以對大小相差很大的基因組進行比較的問題,併能減少基因橫嚮遷移對基因組間距離的扭麯.
이용전기인조신식구건계통발육수.기우COGs류,대매일개기인조적매일개기인,도용일개17유적향량래묘술기편마단백대속우17개COGs류적정도;이여일개기인조적소유기인상대응적나사시량취조성일개집합.접착,이용Fisher선성판별함수,심조일조최우화적권중인자;재차기출상이용Fisher선성변환장상술각집합중매일개시량진행선성변환.사득경Fisher선성변환후17개COGs류대기인조진화적중요정도득도경준학적반영.최후,용진행변환후적시량조성적집합간적거리대체기인조지간적거리.사용저충방법,분별용38개화43개기인조주적진화수도지지료Woese적삼계이론.해방법극복료기타기우전기인조신식구건계통발육수방법난이대대소상차흔대적기인조진행비교적문제,병능감소기인횡향천이대기인조간거리적뉴곡.
