复旦学报（医学版）
複旦學報（醫學版）
복단학보（의학판）
FUDAN UNIVERSITY JOURNAL OF MEDICAL SCIENCES
2007年
1期
17-23
,共7页
甲型流感病毒%血凝素%H5亚型%进化树%进化速度
甲型流感病毒%血凝素%H5亞型%進化樹%進化速度
갑형류감병독%혈응소%H5아형%진화수%진화속도
目的 应用生物信息学数据库和工具,对现有的H5亚型甲型流感病毒全球分离株的H5A1抗原序列进化规律进行研究.方法 下载NCBI Genbank和美国洛斯阿莫斯国家实验室流感病毒数据库中全部的甲型流感病毒H5A1序列,采用快速极大似然法绘制进化树,并用SRDT模型估计各分枝的进化速度与出现时间.结果 H5A1序列的进化树可被分为两个各自独立进化的世系:美洲世系和欧/亚世系,它们在地域分布、序列位点等方面区别明显,且可被进一步细分为几大进化枝,野生禽类分枝和家禽株系分枝的进化速度存在明显差异,所有的人及其他哺乳动物感染株系则均来自于欧/亚世系的亚洲禽/人分枝.结论 H5A1序列在野生禽类中已达到相对稳定的状态,其自然变异速度为(1.990～2.535)×10-3/位点/年,而家禽中的高毒力变异株进化速度明显加快.目前威胁人类的主要是1996年之后出现的亚洲变异株,且进化树结构提示该株系出现过多次禽/人跨宿主传播事件,值得对其位点特征进行深入研究.
目的 應用生物信息學數據庫和工具,對現有的H5亞型甲型流感病毒全毬分離株的H5A1抗原序列進化規律進行研究.方法 下載NCBI Genbank和美國洛斯阿莫斯國傢實驗室流感病毒數據庫中全部的甲型流感病毒H5A1序列,採用快速極大似然法繪製進化樹,併用SRDT模型估計各分枝的進化速度與齣現時間.結果 H5A1序列的進化樹可被分為兩箇各自獨立進化的世繫:美洲世繫和歐/亞世繫,它們在地域分佈、序列位點等方麵區彆明顯,且可被進一步細分為幾大進化枝,野生禽類分枝和傢禽株繫分枝的進化速度存在明顯差異,所有的人及其他哺乳動物感染株繫則均來自于歐/亞世繫的亞洲禽/人分枝.結論 H5A1序列在野生禽類中已達到相對穩定的狀態,其自然變異速度為(1.990～2.535)×10-3/位點/年,而傢禽中的高毒力變異株進化速度明顯加快.目前威脅人類的主要是1996年之後齣現的亞洲變異株,且進化樹結構提示該株繫齣現過多次禽/人跨宿主傳播事件,值得對其位點特徵進行深入研究.
목적 응용생물신식학수거고화공구,대현유적H5아형갑형류감병독전구분리주적H5A1항원서렬진화규률진행연구.방법 하재NCBI Genbank화미국락사아막사국가실험실류감병독수거고중전부적갑형류감병독H5A1서렬,채용쾌속겁대사연법회제진화수,병용SRDT모형고계각분지적진화속도여출현시간.결과 H5A1서렬적진화수가피분위량개각자독립진화적세계:미주세계화구/아세계,타문재지역분포、서렬위점등방면구별명현,차가피진일보세분위궤대진화지,야생금류분지화가금주계분지적진화속도존재명현차이,소유적인급기타포유동물감염주계칙균래자우구/아세계적아주금/인분지.결론 H5A1서렬재야생금류중이체도상대은정적상태,기자연변이속도위(1.990～2.535)×10-3/위점/년,이가금중적고독력변이주진화속도명현가쾌.목전위협인류적주요시1996년지후출현적아주변이주,차진화수결구제시해주계출현과다차금/인과숙주전파사건,치득대기위점특정진행심입연구.
