CAJ | 학술논문

在DNA序列中查找重复片段是基因序列分析的一个重要课题.由于重复片段的模式长度范围较大,所以仅使用编辑距离(edit distance)很难良好的衡量序列的相似性.提出了衡量重复片段相似性的新标准,新标准表达了序列间的距离与序列中相同部分的关系.考虑到计算的复杂性,基于频率向量提出了新的距离函数PFD(partition frequency distance)以及相应的过滤函数,用以产生重复片段的候选集,提高查找算法的效率.采用后继数组代替滑动窗口的方法进行序列划分,避免只可在等长的片段上查找重复片段的限制.实验结果表明,与TRF(tandem repeat finder)方法相比,基于PFD过滤函数的算法可以找到更多的满足相似性要求的重复片段.
재DNA서렬중사조중복편단시기인서렬분석적일개중요과제.유우중복편단적모식장도범위교대,소이부사용편집거리(edit distance)흔난량호적형량서렬적상사성.제출료형량중복편단상사성적신표준,신표준표체료서렬간적거리여서렬중상동부분적관계.고필도계산적복잡성,기우빈솔향량제출료신적거리함수PFD(partition frequency distance)이급상응적과려함수,용이산생중복편단적후선집,제고사조산법적효솔.채용후계수조대체활동창구적방법진행서렬화분,피면지가재등장적편단상사조중복편단적한제.실험결과표명,여TRF(tandem repeat finder)방법상비,기우PFD과려함수적산법가이조도경다적만족상사성요구적중복편단.