系统工程理论与实践
繫統工程理論與實踐
계통공정이론여실천
SYSTEMS ENGINEERING--THEORY & PRACTICE
2012年
2期
389-397
,共9页
刘彬彬%李敏%王建新%段桂华
劉彬彬%李敏%王建新%段桂華
류빈빈%리민%왕건신%단계화
蛋白质相互作用网络%蛋白质复合物%团渗透%距离限制
蛋白質相互作用網絡%蛋白質複閤物%糰滲透%距離限製
단백질상호작용망락%단백질복합물%단삼투%거리한제
算法CPM (clique percolation method)作为一种有效的识别复杂网络中交叠模块结构的算法在社会网络和生物网络中得到了广泛应用.但,CPM算法应用于蛋白质相互作用网络时蛋白质复合物识别准确率不高,且不利于识别规模适中的蛋白质复合物.为克服CPM算法的不足,本文通过引入距离限制约束识别的蛋白质复合物的规模,进而提出了一种基于团渗透和距离限制的蛋白质复合物识别算法CPM-DR.基于酵母蛋白质相互作用网络平台的实验结果表明,算法CPM-DR比CPM能够更准确、更有效、更全面的识别出具有特定生物意义的蛋白质复合物.
算法CPM (clique percolation method)作為一種有效的識彆複雜網絡中交疊模塊結構的算法在社會網絡和生物網絡中得到瞭廣汎應用.但,CPM算法應用于蛋白質相互作用網絡時蛋白質複閤物識彆準確率不高,且不利于識彆規模適中的蛋白質複閤物.為剋服CPM算法的不足,本文通過引入距離限製約束識彆的蛋白質複閤物的規模,進而提齣瞭一種基于糰滲透和距離限製的蛋白質複閤物識彆算法CPM-DR.基于酵母蛋白質相互作用網絡平檯的實驗結果錶明,算法CPM-DR比CPM能夠更準確、更有效、更全麵的識彆齣具有特定生物意義的蛋白質複閤物.
산법CPM (clique percolation method)작위일충유효적식별복잡망락중교첩모괴결구적산법재사회망락화생물망락중득도료엄범응용.단,CPM산법응용우단백질상호작용망락시단백질복합물식별준학솔불고,차불리우식별규모괄중적단백질복합물.위극복CPM산법적불족,본문통과인입거리한제약속식별적단백질복합물적규모,진이제출료일충기우단삼투화거리한제적단백질복합물식별산법CPM-DR.기우효모단백질상호작용망락평태적실험결과표명,산법CPM-DR비CPM능구경준학、경유효、경전면적식별출구유특정생물의의적단백질복합물.
